Позже Эцио выясняет, что тамплиеры планируют убить принца Сулеймана. С Юсуфом в костюмах итальянских певцов он проникает во дворец и спасает юному принцу жизнь, а также заслуживает его доверие. На следующий день Эцио, по просьбе Сулеймана, подслушивает разговор Ахмета. Затем Эцио находит ещё одну печать Альтаира и видит что произошло после смерти Аль-Муалима: даже со смертью наставника Альтаир пытался сохранить орден и его честь и спасти остальных ассасинов. Эцио и Сулейман подозревают, что Тарик Барлети, капитан янычаров, связан с тамплиерами. Эцио следит за ним и выясняет, что тот послал в арсенал Мануила. Герой подслушивает разговор и узнаёт, что Мануил с оружием хочет отправится в Каппадокию.

Эцио находит третью печать Альтаира, из содержания которой становится известно, что в будущем ассасины стали просто воинами и еретиками. Аббас захватил власть и изгоняет Альтаира из Масиафа вместе с сыном Даримом. Узнав, что Аббас приказал убить Сефа, младшего сына, Альтаир убивает всех нападавших и убегает из деревни, потеряв жену, Марию. Тем временем Эцио помогает Софии и ухаживает за ней, сначала добыв посылку для неё, затем находит украденную картину и, наконец, приносит ей пять белых тюльпанов.

Через год Эцио наконец убивает Тарика, но тот оказывается не предателем. Из следующей печати Эцио видит возвращение Альтаира в Масиаф через 20 лет. Вместе с другими ассасинами Альтаир убивает капитанов Аббаса. Затем из пистолета, который Альтаир сам же и сделал, он убивает самого Аббаса. После этого Эцио решает отправится в подземный город — Каппадокию. Перед тем как отправится в путь, Эцио просит Юсуфа позаботиться о Софии. В Каппадокии Эцио устраняет подручного Мануила — жестокого убийцу Шах-Кулу и уничтожает арсенал тамплиеров, взяв пятую печать Альтаира у Мануила. Эцио узнает, что главный заговорщик — Ахмет. Тот грозит смертью Софии и уничтожением всего ордена ассасинов и добавляет, что всего печатей шесть. Эцио уплывет обратно в Константинополь и из пятой печати видит, что Альтаир отдаёт все пять печатей Никколо Поло, но о шестой — ни слова. В Константинополе Эцио обнаруживает разруху: пожар, бедность и война. А в лавке Софии трупы ассасинов, среди них — Юсуф Тазим с кинжалом в спине. Для Эцио это оказалось последней каплей. Собрав всех ассасинов, Эцио нападает на Ахмета, но вместо боя получает предложение: печати взамен на Софию. Принеся печати, Эцио надеется на сделку, но тамплиер обманывает его. Аудиторе спасает Софию и вместе с ней отправляется в погоню за Ахметом. В бою Эцио побеждает его, но убивает Ахмета Селим I Грозный, сбросив с обрыва, сказав, что отец выбрал наследника. Также он приказывает Эцио убираться навсегда. Эцио пытается кинуться на него с мечом, но София останавливает его.

Во время нахождения Эцио последней печати, Анимус находит Дезмонда и собирается его удалять, но 16-й спасает его, дотронувшись до него и скопировав его ДНК, и Анимус удаляет Клэя.

В Масиафе Эцио и София находят библиотеку и открывают дверь при помощи печатей. Но в ней нет ни книг, ни знаний. В библиотеке Эцио находит скелет Альтаира и шестую печать. В ней — воспоминания о последней минуте жизни великого ассасина. Библиотека создана не для книг или знаний с сокровищами, а для Яблока Эдема, которое принадлежало Альтаиру. Но Эцио решает оставить артефакт в хранилище и пожить для себя. Эцио обращается к Дезмонду в надежде, что тот найдёт ответы на вопросы.