Затем Дезмонд попадает в нексус времени, где Юпитер объясняет ему, что мощная вспышка Солнца уничтожила всю первую цивилизацию и лишь немногие из переживших её смогли спастись. После разговора с Юпитером Дезмонд выходит из комы в окружении Ребекки, Шона и своего отца Уильяма Майлза (лидера современных ассассинов). Они приезжают к месту, где раньше был Великий храм Первой цивилизации, где-то в США. А сам Дезмонд говорит: «Я знаю, что делать дальше».

Персонажи

Современные персонажи:

• Дезмонд Майлз — ассасин, протагонист в современности, находится в коме.
• Уильям Майлз — лидер Ордена Ассасинов в современности.
• Ребекка Крейн — ассасин-инженер, построила и улучшила Анимус 2.0.
• Шон Гастингс — ассасин-историк.
• Клэй Качмарек (он же Объект 16) — ассасин, похищенный Абcтерго до Дезмонда. Покончил с собой, чтобы не дать тамплиерам достичь своей цели. Появляется как проекция в Анимусе. Помогает Дезмонду выйти из комы и погибает, спасая Дезмонда от удаления Анимусом как вредоносной программы.
• Уоррен Видик — тамплиер, сотрудник корпорации Абстерго Индастриз (появляется только в мультиплеере).
• Дэниел Кросс — агент тамплиеров, работник Абстерго в отделе Технологий будущего. Потомок русского ассасина Николая Орлова. Известен также как Объект 4 (появляется только в последнем видео мультиплеера).
• Летиция Инглэнд — лидер Отдела Деятельности Промышленности Абстерго и член Внутреннего Святилища Ордена тамплиеров (появляется только в мультиплеере).

Персонажи эпохи Возрождения (Ренессанса):

• Эцио Аудиторе да Фиренце — ассасин, Великий магистр Ордена ассасинов Средиземноморья, протагонист в эпохе Возрождения (Ренессанса). Является основным персонажем игры, на момент начала игры ему 52 года.
• Юсуф Тазим — мастер-ассасин и магистр Ордена ассасинов в Оттоманской империи, дает Эцио новое оружие — «нож-крюк». Убит Ахметом кинжалом в спину во время защиты Софии Сартор.
• Пири Рейс — оттоманский мореплаватель, адмирал и картограф. Изготовлял бомбы и карты для ассасинов.
• Леандр — капитан византийских тамплиеров, захватил крепость Масиаф. Убит Эцио.
• Принц Сулейман — 17-летний юноша, правитель Каффы и будущий султан Османской империи.
• Мануил Палеолог — племянник и наследник императора Константина XI, Великий магистр византийских тамплиеров. Несмотря на то, что на момент игры Византия уже полвека как канула в Лету, Мануил правит византийцами в Каппадокии, в выстроенном тамплиерами подземном городе. Убит Эцио.
• Ахмет — главный антагонист, Великий магистр после гибели Мануила, законный наследник Османской империи, сын Баязида II. Убит Селимом I.
• Тарик Барлети — командир янычар под предводительством султана, хороший тактик и преданный своему делу человек. Убит Эцио по ошибке.
• София Сартор — возлюбленная Эцио, работает в книжном магазине.
• Шах-Кулу — тамплиер, «правая рука» Мануила Палеолога. Лично замучал и казнил многих пленников-оттоманов. Убит Эцио.
• Селим I Грозный — сын Баязида II, брат Ахмета и отец принца Сулеймана. В конце игры стал султаном Османской империи после своего отца.
• Баязид II — 8-й султан Османской империи.