Добравшись до раскопа игрок с помощью Душекуба побеждает «сильнейшего воина ада», Кибердемона, охраняющего Адскую дыру. После победы над Кибердемоном Душекуб врывается в Адскую дыру, охладив и запечатав её. Финальная сцена показывает нам главного героя, единственного, кто пережил вторжение на марсианскую базу, спасаемого прибывшими десантниками из флота, мёртвого Эллиота Свонна, и Бетругера, оказавшегося в Аду и, в наказание за поражение, обращённого в огромного драконоподобного демона.

Оружие

• Кулаки — оружие ближнего боя. В мультиплеере можно украсть оружие другого игрока, просто ударив его кулаком.
• Фонарик — оружие ближнего боя. Отличия в битве от кулаков: в два раза больше повреждений, немного большая дальность, но меньшая частота ударов. Однако его можно использовать лишь как отдельное оружие, то есть нельзя одновременно использовать какое­-либо другое оружие и одновременно светить фонариком. Запас батарейки фонарика бесконечен, как и его прочность при избиении врагов.
• Пистолет — автоматический пистолет. В мультиплеере пистолет является стартовым оружием игрока.
• Бензопила — оружие ближнего боя. Попала на Марс по ошибке поставщика вместо партии отбойных молотков. Очень мощное оружие ближнего боя с никогда не тупящейся цепной пилой. Бензопила не присутствует на стандартных картах для многопользовательской игры.
• Дробовик — из­-за большого разброса дроби этого оружия (22 градуса в одиночном режиме игры), дробовик наносит меньший урон на средней и дальней дистанции. Тем не менее, большой уровень повреждений, наносимый дробовиком при стрельбе в упор, делает его одним из самых полезных видов оружия, способным разобраться с большинством обычных врагов одним-двумя хорошо нацеленными выстрелами. В многопользовательской игре разброс пуль дробовика был уменьшен вдвое (до 11 градусов), сделав его более эффективным на расстоянии.
• Автомат MG-88  — со всего 1 градусом разброса и хорошим размером магазина в 50 патронов автомат является лучшим оружием для выпускания цепочки выстрелов. В мультиплеере Doom 3: Resurrection of Evil, MG-88 является начальным оружием игрока.
• Пулемёт Max­-2 — это отличное скорострельное оружие для стрельбы на ближних и средних дистанциях, так как каждая пуля причиняет в два раза больше ущерба, чем пуля автомата, но он имеет также больший угол разброса. В мультиплеере угол разброса пуль был уменьшен до 1 градуса, делая его главным оружием для стрельбы на дальних дистанциях. Разработчики взяли за прототип существующий пулемёт Гатлинга, устанавливающийся на вертолёты.
• Гранаты — жёлтые цилиндрические гранаты. Будучи очень прыгучими, они детонируют либо от контакта с врагом, либо через три секунды после взведения. От контакта с самим игроком не детонируют. В мультиплеере игрок начинает игру с двумя гранатами.
• Плазмоган Max-4 — оружие, стреляющее голубыми шарами плазмы. Версия плазмогана в Doom 3 похожа на ту, которая используется в первом Doom, и характеризуется такой же хорошей скорострельностью и отсутствием разброса шаров. Однако скорость шаров была значительно уменьшена, делая плазмоган неподходящим для дальних дистанций. В одной обойме оружия содержится 50 зарядов; в мультиплеере их количество снижено до 30, но урон, наносимый одним шаром, увеличен.
• Ракетомёт (ракеты) — ручная ракетная установка, наносящая большой ущерб врагу при прямом попадании ракеты, а также ущерб, наносимый взрывной волной всем находящимся рядом со взрывом. В режиме одиночной игры невозможен так называемый «рокетджамп», так как набираемая от взрыва высота является очень небольшой.
• BFG9000 («Blast Field Generator» — «Генератор Взрывной Волны») — мощное энергетическое оружие, способное зачищать от врагов помещения больших размеров. При выстреле оружие выпускает мощный энергетический шар, наносящий при попадании большой урон. Также каждый снаряд выстреливает из себя наносящие урон лучи по направлению к противникам и содержит микрочип в своём ядре с системой распознавания «свой/чужой». Когда шар контактирует с целью, происходит небольшая термоядерная реакция. Однако, если попасть по микрочипу, шар сразу же взорвется. BFG9000 может быть перегружен при долгой зарядке, и при этом взорваться, моментально убив стреляющего. Помимо экземпляра, забираемого у сержанта Келли, BFG9000 может быть найден в шести местах в игре: в одной из лабораторий Дельта, в закрытой комнате, для входа в которую необходимо ввести код; в закрытом шкафчике от компании «Марсианский друг» примерно на этом же этапе игры; на уровне «Ад» — рядом со снарядом к нему, за скалой на подсвечивающейся красной пентаграмме; за зеленым порталом, ведущим к стражу; на уровне «Площадка 3» — перед комнатой управления погрузчиком, стоит на полке; наконец, на последнем уровне «Основной раскоп» — прибыв на лифте, игрок обнаруживает целый арсенал (почти всё оружие игры), есть и BFG.
• Душекуб — особое оружие, дающееся игроку после убийства одного из боссов в Аду. Для того, чтобы применить Душекуб, необходимо убить пять монстров, после чего им можно убить любого монстра, не являющегося боссом (точнее, нанести 1000 пунктов повреждений, что смертельно для любого рядового монстра и сильно повредит боссу). После убийства монстра Душекуб впитывает в себя его здоровье и передаёт его своему носителю (работает и с оставшимися в живых боссами). Душекуб не присутствует на стандартных картах для многопользовательской игры в Doom 3 и не повреждает других игроков в этом режиме, если тем или иным способом завладеть им.