Впервые в истории серии в «Empire» присутствует возможность изучать новые технологии, а также улучшать существующие здания. Прохождение кампании основано прежде всего на развитии технологий. Развитие технологий не будет линейным — исследованию будут подлежать армия, экономика, государственные институты. Также, каждый регион может заниматься своими исследованиями, но количество возможных технологий ограничено зданиями в этом регионе.

Основное нововведение — координация тактического и стратегического искусственного интеллекта. Все битвы на карте сражений учитывают глобальную стратегию. Отступление для перегруппировки, заманивание в засады — разработчики постарались максимально приблизить действия компьютерного противника на поле боя к поведению человека. Тактическое нововведение: компьютер не только отвечает на ход игрока, но и своими действиями провоцирует его на совершение критической ошибки.

В отличие от предыдущих игр серии, провинции более не будут полностью централизованными в городах. Хотя город всё ещё является центром провинции, существуют и другие строения, которые занимаются торговлей и набором войск. Это позволяет врагу нарушать эффективность провинции не нападая на поселение. Вместо послов, торговцев, священнослужителей, шпионов и убийц из предыдущих игр, «Empire: Total War» имеет лишь три вида небоевых единиц: священники (различаются в зависимости от веры нации), джентльмены (в русской локализации дворяне) и негодяи (rakes)(в русской локализации диверсанты). Джентльмены занимаются внедрением и могут вызывать других персонажей на дуэль для удаления персонажа с честью, а негодяи занимаются тайными делами, такими как шпионаж, убийство и грабёж. Религия уже не играет такую важную роль как в «Medieval II», хотя всё ещё выделяются основные верования: католицизм, православие, протестантизм, ислам, индуизм и анимизм (это основные в игре, хотя также существует множество других, включая буддизм и сикхизм). Кроме того, этих персонажей нельзя нанимать или тренировать. Они сами присоединяются к игроку случайным образом. Эти шансы можно увеличить присутствием определённых зданий. Присутствие джентльмена в учебном учреждении увеличивает скорость научных исследований этого здания. Следует заметить что в восточных странах (включая Государство Маратхов и Османскую империю) джентльменов заменяют мудрецы, которые не могут вызывать других персонажей на дуэль. Государства Индии взамен негодяев пользуются услугами тугов.

Наём войск отличается от системы предыдущих игр серии, где войска нанимались в поселениях и затем переводились в армию генерала. В «Empire», генерал может лично нанимать войска из поселений (подобно системе наёмников в «Rome» и «Medieval II»), хотя войскам всё равно необходимо время для путешествия к генералу. Кроме того, возможность «традиционного» найма войск оставлена, также генералов можно нанимать неограниченное количество, в отличие от предыдущих частей где генералами были лишь члены королевской семьи.

По мере роста населения в провинции небольшие деревни становятся городками (столица региона не растёт), которые затем можно специализировать в один из четырёх типов: научный, религиозный, развлекательный и промышленный. Рыбацкие деревни можно специализировать в один из трёх видов портового городка: рыбацкий, торговый и военный. Рыбацкие и торговые верфи могут строить только корабли самого низкого класса (галеры, шлюпы и бриги). Следует заметить, что городки и порты имеют реальные названия(однако некоторые города использованные в качестве портов, на тот момент еще не существовали, так например Североморск обозначен как порт в XVIII веке, когда построен был в конце XIX века и имел другое название), соответствующие их местонахождению в действительности.