Игра состоит из 11 эпизодов с эпилогом. Сюжет в игре до самого конца запутан.

Управление игроком

У игрока есть возможность использовать замедление времени (slow motion) — имитация состояния повышенного уровня адреналина в крови, которое может наступать у человека, когда он попадает в угрожающую жизни ситуацию, и в силу вступают защитные механизмы. Недолго находясь в таком состоянии, можно увидеть пули, двигаться быстрее (подобно тому, как это выполнено в игре Max Payne) и получить за счёт этого преимущество в бою. Для более продолжительного нахождения в этом состоянии можно использовать шприцы со специальным препаратом, которые можно найти по ходу игры. Когда у протагониста начинаются галлюцинации или видения, уровень адреналина в крови главного героя увеличивается самопроизвольно и он находится в таком состоянии до тех пор пока не закончатся «видения».

Примечательно, что в игре нельзя ни увидеть отражение лица главного героя, ни услышать ни одной реплики протагониста (в особо напряжённых ситуациях можно слышать его дыхание, в галлюцинациях слышать биение сердца) — здесь имеет место идея о связи игрока с игровым миром, подобно тому, как это выполнено в серии игр Half-Life. На первых уровнях игры нечёткое отражение героя можно увидеть в луже. Также во время прохождения по «кровавому коридору» Альмы можно увидеть отражение в крови на потолке. В дополнении F.E.A.R. Extraction Point, которое продолжает сюжет игры эта идея также поддерживается — зеркала в игре больше напоминают алюминиевые пластины, в которых можно распознать силуэт героя и некоторые детали, такие как оружие, но лицо там не просматривается и видны лишь его очертания.

Противники

Враги в игре наделены всеми возможностями игрока: бросают гранаты, стреляют из-за укрытий, перезаряжают оружие (предварительно спрятавшись), в ближнем бою переходят в рукопашный бой, общаются между собой. Все это позволяло создать эффект чрезвычайно сложного искусственного интеллекта, позже была проведена конференция, на которой были раскрыты секреты ИИ.

Вооружение и боеприпасы

Игроку в начале каждого уровня (эпизода) даётся или сохраняется с предыдущих уровней (эпизодов) определённое вооружение. Оружие и боеприпасы можно найти по ходу игры. В большинстве случаев враги применяют тот же вид вооружения, что и герой.

Можно отбирать оружие у противника, предварительно убив его.

Всего с собой разрешается носить лишь три различных вида оружия, не считая гранат и мин. Кроме того, можно использовать приёмы рукопашного боя: удар прикладом оружия, подсечка и удар ногой в прыжке.

Интересной особенностью, является подбор оружия (если предварительно выбросить имеющееся оружие, и подобрать того же вида, то боеприпасов окажется значительно больше, нежели стандартно подобрать найденный образец).

Огнестрельное оружие

• Пистолет AT-14 — внешний вид этого оружия напоминает HK USP в базовой модификации. Обладает высокой точностью, убойностью и бронебойным действием. Существует возможность найти второй пистолет и стрелять из двух пистолетов одновременно.
• Пистолет-пулемёт RPL — аналог HK MP5 с магазином на 50 патронов. Низкая точность и сильная отдача слабо компенсируются высокой скорострельностью.
• Штурмовая винтовка G2A2 — штурмовая винтовка, оснащённая магазином на 45 патронов. Обладает достаточно высокой огневой мощью. Основана на HK SL8 и HK G36. В отличие от последней, G2A2 снабжена шнековым магазином и ведёт стрельбу короткими очередями. Обладает высокой отдачей.
• Винтовка ASP — эта винтовка снабжена оптическим прицелом и огонь ведётся короткими очередями по три выстрела. Является аналогом Tavor TAR-21.
• Боевой дробовик VK-12 — является аналогом дробовика SPAS-12. Рассчитан на 12 патронов. Обладает большой огневой мощью, но эффективность значительно снижается при ведении боя на расстоянии.
• Тяжёлый 10 мм перфоратор — оригинальное оружие, использующее заострённые металлические стержни из обеднённого урана для ведения огня. Обладает чрезвычайно высокой точностью, но относительно низкой скорострельностью. Благодаря большому бронебойному действию, низкой отдаче и пневматической системе для ведения огня отлично подходит для бесшумных атак из укрытия и прибивания врагов к стенкам.
• Прототип-7 — энергетическое оружие, обладающее высокой точностью. При выстреле испускает сиреневый луч, который при соприкосновении с живым существом сжигает всю плоть. В результате, от того, кто был убит при помощи «прототипа-7», остаётся один лишь обгоревший скелет. Это оружие оснащено оптическим прицелом повышенной кратности и дальномером. Проводится некая аналогия на оружие Railgun из известной серии игр Quake. Форма луча напоминает след выстрела выдуманного энергетического оружия «Пульсатор», которое фигурировало в фильме «Стиратель» (Eraser) с Арнольдом Шварцнеггером в главной роли.
• Ракетная установка MOD-3 — огонь ведётся при помощи мощных ракет, обладающих высокой точностью и дальностью полёта. За одно нажатие гашетки из ствола вырываются сразу три снаряда. Тем не менее, если в пятнадцатизарядном магазине этого оружия находятся одна или две ракеты, можно использовать их с тем же эффектом.
• Автоматическая пушка MP-50 — чрезвычайно эффективное оружие, точное, с большим магазином и разрывными патронами, детонирующими при контакте. Прямое попадание разрывает человека на части, однако ведение огня на близком расстоянии опасно для стрелка.