Глава сада Сид назначает Скволла главнокомандующим, герой переживает, что не справится с такой колоссальной ответственностью, и, помимо всего прочего, замечает в себе необъяснимую привязанность к Риноа. Посетив развалины сада Трабия, персонажи неожиданно вспоминают, что в детстве все они, в том числе Сайфер и Эллона, воспитывались в одном и том же приюте, а настоятельницей там была Эдея — давным-давно судьба разбросала их по всему миру, и воспоминания о детстве утратились. Ещё более неожиданным становится известие о том, что Сид и Эдея на самом деле приходятся друг другу мужем и женой, это именно они когда-то инициировали строительство садов, чтобы те противостояли появляющимся злым колдуньям. Между садами Баламб и Галбадия происходит сражение, Скволл побеждает Сайфера, с которым, как оказалось, враждует ещё со времён приюта, и вступает в бой с Эдеей. Выясняется, что Эдея всё это время находилась под контролем Ультимеции, могучей колдуньи из далёкого будущего, — она хочет активировать апокалиптический процесс сжатия времени, и для этого ей нужна обладающая телепатическими способностями Эллона. Герои побеждают в сражении, Эдея приходит в себя, но Риноа, унаследовав силу Ультимеции, впадает в кому. Не сумев разбудить возлюбленную, Скволл отправляется в Эстар разыскивать Эллону в надежде, что она перенесёт его в прошлое, и там можно будет спасти девушку.

Поиски Эллоны приводят Скволла на космическую станцию, но помочь она ничем не может — прошлое изменить невозможно. Неожиданно Ультимеция берёт контроль над телом Риноа и освобождает из космической тюрьмы эстарскую колдунью Адель, намереваясь сделать её следующей своей инкарнацией. Тем временем на поверхности планеты Сайфер активирует так называемую Лунатическую пандору, гигантский механизм, инициирующий начало «лунного плача» — с помощью этого природного катаклизма Ультимеция, находясь в теле Адель, возвращается на землю. Скволл спасает оказавшуюся в открытом космосе Риноа и на заброшенном космическом корабле тоже покидает орбиту. Эстарцы опасаются, что в Риноа вновь пробудится злая колдунья, и запечатывают её в специально построенном саркофаге, однако Скволл не может жить без неё, поэтому силой забирает девушку из плена. Президент Лагуна просит у героев прощения за это недоразумение и озвучивает план профессора Одайна, с помощью которого можно одолеть недосягаемую Ультимецию. Он предлагает позволить колдунье вновь завладеть телом Риноа, при этом Эллона позволит начать сжатие времени, и в ходе этого процесса у персонажей появится возможность попасть в далёкое будущее, чтобы там победить настоящую Ультимецию. Отряд проникает внутрь Лунатической пандоры, побеждает Сайфера и едва пробудившуюся Адель, начиная воплощение своего плана.

Сжатие времени, необъяснимый катаклизм, когда все исторические периоды сливаются в одну точку, приводит к сюрреалистическим метаморфозам в мире, персонажи хаотично перемещаются в различных временных измерениях и в конце концов попадают в абстрактный мир Ультимеции, выглядящий как парящий в воздухе средневековый замок. После победы над колдуньей мир постепенно возвращается в нормальное состояние, но Скволл продолжает путешествие во времени и перемещается в приют, где просит молодую настоятельницу Эдею посвятить жизнь строительству садов для сражения с колдуньей из далёкого будущего. В итоге всех путешествий герой оказывается в безвременьи, бесконечной пространственной ловушке, из которой не может выбраться, но Риноа находит его там и возвращает в настоящее. В финальных сценах игры показывают рыбачащего в море Сайфера; Лагуну, вспоминающего о трагедии своей семьи, с дочерью Эллоной, которая тщетно пыталась эту трагедию исправить; праздничные гулянья в саду Баламб с участием всех персонажей; и Скволла с Риноа, целующихся на балконе при свете луны.