Metal Gear Mk.II — маленький робот-помощник (впоследствии его заменяет Mk.III), который всегда следует за Снейком и предоставляет функции рации и внутриигрового меню. Робота можно использовать для оглушения врагов, разведки и взаимодействия с окружающей средой. Прототипом послужил одноимённый робот из игры Хидэо Кодзимы Snatcher. Робот также появляется в начале каждого отдельного акта игры, хотя в это время его возможности игроку не доступны.

Как только игроку становится доступно меню Дребина, у него появляется возможность обменивать очки Дребина на оружие, экипировку и амуницию; их можно приобрести в любом месте и в любое время. Ценовое соотношение между оружием и очками зависит от того, насколько интенсивными были схватки главного героя с противниками (при высоком показателе цены более высоки). Кроме того, Дребин может купить у Снейка предметы по заниженным ценам.

В игре присутствует виртуальный режим, подобный тому, что был в предыдущих играх. Он позволяет освоить использование оружия и управление главным героем.

Сюжет

Действие игры Metal Gear Solid 4 разворачивается в 2014 году, спустя 9 лет после событий Metal Gear Solid и спустя 5 лет после Metal Gear Solid 2: Sons of Liberty. Планета погрязла в войнах, ставших единственным способом решения национальных конфликтов; войны ведут частные военные корпорации. Для удобства контроля придумана система «Сыны Патриотов» (Sons of the Patriots). Благодаря внедрению наномашин в тело своих солдат корпорации могут полностью контролировать их поведение на поле боя, а также устанавливать запреты на использование оружия посторонними лицами. Ликвид Оцелот собирается похитить систему «Сыны Патриотов». Снейк, ныне живущий вместе с доктором Хэлом «Отаконом» Эммерихом и дочерью Ольги Гурлюкович по имени Санни, быстро стареет, так как является клоном, и ему остаётся меньше года жизни. Бывший командир Снейка Рой Кемпбелл поручает ему последнюю миссию — уничтожить Ликвида. Снейк соглашается и отправляется в зону военных действий на Среднем Востоке, где скрывается Ликвид.

История

Снейк проникает в зону, где базируется армия Ликвида, и получает приказ встретиться с находящимся неподалёку отрядом армии США. Доктор Эммерих оказывает поддержку Снейку по радио, а на месте ему помогает небольшой робот Metal Gear Mk II. По пути к месту встречи Снейк встречает Дребина 893, дельца чёрного рынка, который впрыскивает Снейку наномашины, дающие возможность использовать оружие последнего поколения. Добравшись до места встречи, Снейк сталкивается с патрульным отрядом, который возглавляет его старая знакомая Мерил Сильвербёрг, и узнаёт о местоположении Ликвида. Снейк двигается дальше, но как только ему наконец-то удаётся добраться до Ликвида, тот приводит в действие сигнал, обездвиживший Снейка, патрульных и других солдат, снаряжённых наномашинами. После падения Снейк видит доктора Наоми Хантер, которая когда-то сделала ему инъекцию вируса FOXDIE. Джонни Сасаки, единственный не подвергшийся воздействию сигнала патрульный, отводит Снейка в безопасное место.

В закодированном сообщении Наоми рассказывает, что её принудили заниматься исследованиями для Ликвида, и просит Снейка о помощи. Снейк отправляется в Южную Америку и сталкивается с Вампом и неизвестным киборгом. Затем он слушает сообщение Дребина о «Патриотах» — объединённых в единую сеть продуктах искусственного интеллекта, которые контролируют наномашины.