Сами жители представлены инопланетными расами, большинство из которых кибернетически усилены наподобие строггов из серии Quake. Только группа человекоподобных существ на борту Сферы, которая называет себя Тайными, живёт относительно свободно, занимаясь повстанческой деятельностью. Тайные, хотя и модифицированы кибернетически, далеки до состояния остальных рас внутри Сферы и не утратили свои личностные качества. Под руководством, по‑видимому, молодой женщины по имени Элуит, Тайные мечтают о возвращении на Землю, где они обитали в глубокой древности.

Сфера контролируется высшим существом под названием «Мать», которая телепатически общается с Томми в течение всей игры. В конце концов после бурной борьбы Мать была повержена, но перед смертью призвала Томми взять на себя её работу, иначе неуправляемая Сфера должна неизбежно погибнуть. После яркой вспышки Томми обнаруживает себя внутри зала Матери, способным контролировать Сферу. Дед Эниси спиритически связывается с Домаси и говорит, что полученная власть — не более, чем иллюзия, а цена расплаты намного больше, чем он приобрёл, поэтому Томми должен сделать правильный выбор. После этого главный герой, внимая словам деда, направляет подвластную ему Сферу прямо в Солнце и оказывается в Стране Древних, где видит Эниси и Джен ещё раз. Здесь он узнаёт, что его время ещё не пришло, и возвращается на Землю.

Шесть месяцев спустя Томми обнаруживает себя в придорожном баре, откуда его похитили, по‑видимому, ещё не открытому для публики. Он слышит по радио официальную версию случившегося, согласно которой люди, здания и объекты исчезли в результате неизвестных природных феноменов. Затем он видит Элуит. Она и оставшиеся в живых Тайные спаслись через собственный портал, прежде чем Томми отправил Сферу в Солнце. Элуит говорит, что хотя население Земли не знает, как много он сделал, некто «другие» узнали обо всём и хотят с ним встретиться. Она открывает портал, и Томми шагает в него. На экране надпись: «Продолжение следует».

Оружие

В соответствии с темой биомеханоидов, обитающих в Сфере, большинство видов оружия сочетает в себе органические и механические части.

• Разводной ключ — импровизированное оружие Томми, с которым он попал в Сферу. Можно наносить быстрые и слабые удары или более сильные повреждения с размаху.
• Винтовка — автоматическое скорострельное оружие, стреляющие небольшими сгустками энергии в обычном режиме. Перезарядка камер с энергией происходит автоматически, кроме того винтовка сама восстанавливает небольшую часть энергии при падении её до нуля. Альтернативно органический оптический прицел присоединяется к глазу Томми напрямую, что позволяет вести снайперский огонь, при этом можно приближать или отдалять цель. Стрельба в снайперском режиме увеличивает мощность винтовки, но и расходует больше энергии на каждый выстрел.
• Ползун — маленькое трёхногое, похожее на краба существо, которое обитает на территории всей Сферы. Может использоваться двумя разными способами: если оборвать все его конечности и кинуть на брюхо, то ползун взрывается с большой мощностью через пару секунд, а если оторвать одну ногу (альтернативный режим), то ползун превращается в мину, взрывающуюся при приближении противника.
• Плазмомёт — эффективное и универсальное оружие. Зарядка осуществляется от разбросанных по всей Сфере источников (режим «пиявки»). В любой момент можно использовать только один из четырёх видов:
• • Плазма (красный цвет) — плазмомёт заряжается красной энергией и стреляет плазменными шарами, которые наносят средний урон. Наиболее скорострельный заряд плазмомёта;
  • Заморозка (светло‐голубой цвет) — атаки с близкого расстояния превращают противника в глыбу льда за несколько секунд;
  • Молния (белые искры) — наиболее мощный заряд плазмомёта. Один или два попадания молнией убивают большинство врагов, но «боеприпасы» очень ограничены в отличие от других типов;
  • Энергия (оранжевый отблеск) — напоминает по действию разрядник из серии Quake. При использовании образует непрерывный поток энергии, за секунды испепеляющий любого противника.
• Автоматическая пушка — оторванная рука центуриона, скорострельный многоствольный пулемёт, в альтернативном режиме похожее на скорпиона существо, сидящее на стволе, кидает гранату из своего хвоста. Непрерывный огонь может перегреть орудие, тогда требуется некоторое время ждать его охлаждения.
• Кислотный распылитель — создан Тайными, применяется в основном против органических врагов. По действию похож на дробовик: эффективен вблизи и мало полезен на дальней дистанции. Альтернативный огонь кидает ёмкость с кислотой как гранату на большое расстояние, но усиленно расходует боезапас.
• Ракетница — часть тела сборщика, использует в качестве зарядов ползунов, упакованных в контейнеры. Снаряд летит прямо к цели, причиняя урон в большом радиусе. В альтернативном режиме ползуны испаряются в виде облака кислоты, создавая щит перед Томми, который растворяет любые снаряды.
• Лук — единственное оружие Томми, когда он выходит из тела. Его призрачные стрелы мощное и эффективное оружие на дальней дистанции. В некоторых моментах игры только благодаря стрельбе из лука удается пройти дальше.
• Коготь — помощник Томми в виде призрака ястреба, который подсказывает направление движения по уровням, переводит тексты с инопланетного языка и нападает на ближайших врагов, отвлекая их от атак на главного героя. Коготь всё время действует самостоятельно.

Список уровней

Игроку в игре Prey необходимо пройти 22 уровня.

1. Бар закрывается (Last Call)

# Первая космическая (Escape Velocity)

1. Вниз по спирали (Downward Spiral)

# Посвящение (Rites Of Passage)

1. Ещё один шанс (Second Chances)

# Крушение (All Fall Down)

1. Жесткая посадка (Crash Landing)

# Жертвы (Sacrifices)

1. Другие (There Are Others)

# Путеводные огни (Guiding Fires)

1. Древние племена (The Old Tribes)

# Тайные замыслы (Hidden Agenda)

1. Джен (Jen)

# Кровавая жатва (The Dark Harvest)

1. За ней (Following Her)

# Комплекс (The Complex)

1. Восхождение (Ascent)

# Центр тяжести (Center Of Gravity)

1. Решения (Resolutions)

# Клятва мести (Oath Of Vengeance)

1. Лицом к лицу (Facing The Enemy)

# Материнские объятия (Mother's Embrace)

Саундтрек

Саундтрек написан обладателем многочисленных наград композитором Джереми Соулом и его братом Джулианом. Саундтрек игры доступен в двух частях (продолжительностью около двух часов) на

DirectSong.

Первый диск:

1. Prey Overture

# Aniwyah Calling

1. Dark Harvest Begins

# Upside Down

1. Where in the Hell am I?

# The Land of the Ancients

1. As if Appearing from Nowhere

# Cries in the Darkness

1. Back to the Ancient Land

# Finding the Warrior Within

1. Breaching the Surface

# Smoke and Mirrors

1. Desperate Measures

# Battle at the Superportal

1. Primal Instincts

# Strengthened Resolve

1. Hundreds of Your Miles Tall

# Full Ascension

Второй диск:

1. Cutting the Power

# Survival of the Fittest

1. You’re Becoming a Nuisance

# Pushing Towards Fate

1. Splitting the Arrow

# Sacred Realm Desanctified

1. The Power of the Keepers

# Raiding the Keeper’s Fortress

1. What Lies Before You

# Immortality or Oblivion

1. Redemption and Finale

# Prey Super Trailer (Bonus Track)

Кроме того, для использования в игре лицензирован ряд других треков. Список композиций в музыкальном автомате на первом уровне игры в том порядке, как они расположены:

• The Edgar Winter Group — «Free Ride»;
• Heart — «Barracuda»;
• Judas Priest — «You’ve Got Another Thing Comin»;
• Ted Nugent — «Cat Scratch Fever»;
• Railer — «If We Could Be»;
• Scotch Greens — «Deaf Girlfriend»;
• Seven Mary Three — «Settle Up»;
• Sheep on Drugs — «Machine Sex»;
• Halifax — «Anthem for Tonight»;
• The Countdown — «Human Resources (Radio 4 Remix)»;
• SOiL — «Forever Dead»;
• Clutch — «10001110101»;
• MxPx — «The Setting Sun» (заказана специально для игры);
• Blue Öyster Cult — «(Don’t Fear) The Reaper». Эту песню невозможно выбрать, но она играет в музыкальном автомате в течение вторжения инопланетян.

Финальные титры представлены песней After Midnight Project — «Take Me Home».