Вместе тем, издания по компьютерной безопасности отметили, что первые нелегальные копии игры были заражены руткитами — разновидностью вредоносных программ. Вероятно, недоброжелатели воспользовались таким ходом, проанализировав в поисковых системах шквал запросов пользователей, желающих загрузить взломанную версию игры. Как отмечает сайт журнала «Хакер», «вместо того, чтобы воевать с флотом союзников на Мальте, поклонники симулятора при запуске его взломанной версии рискуют пойти на дно килем кверху, капитулировав перед творениями вирусописателей».

8 марта 2010 года в Интернете стали появляться данные о том, что серверы компании Ubisoft, которые использует их собственная система защиты от копирования, перестали работать.

Принцип действия новой системы защиты заключается в том, что перед тем, как допустить пользователя к игре, система проверяет подлинность продукта, для чего требуется подключение к серверу. Таким образом, когда сервера временно перестали работать, игроки, купившие первые игры с внедренной системой защиты — Assassin's Creed II и Silent Hunter V — не имели возможности поиграть в них.

Вскоре стало известно, что причиной временного прекращения работоспособности серверов Ubisoft стала DDoS-атака — вид атаки на сервер с целью временного прекращения его работы.

Журнал Хакер в новости за 9 марта так описал детали данного события:

Эта атака — протест хакеров на внедрение издателем нового метода управления цифровыми правами (DRM), требующего для полноценной игры наличия постоянного соединения с сетью Интернет.

(…) В сообщении, опубликованном вчера через официальный аккаунт на сервисе микроблогов Twitter, издатель принес извинения клиентам, заявив, что последствия атаки испытали на себе примерно 5 % игроков, которые не смогли получить доступ к серверам управления правами в воскресенье, с 14:30 до 21:00 по парижскому времени.

Позднее руководство компании прислало игрокам, которые не смогли получить доступ к игре Silent Hunter V в период атаки, уведомление на электронную почту, извещающее о возможности загрузить бесплатно одну из двух игр на выбор: симулятор сноубординга Shaun White Snowboarding или приключенческий экшн Prince of Persia 2008 года.

Владельцам коллекционного издания Assassin's Creed II доступна к загрузки одна из следующих игр: авиационные симуляторы Tom Clancy's H.A.W.X. и Heroes over Europe, стратегия Tom Clancy's EndWar и экшн Prince of Persia. Также открывается доступ ко всем вышедшим официальным дополнениям. Обладатели обычного издания Assassin's Creed II получают только возможность загрузить бесплатно дополнения..

19 марта 2010 года интернет-издание ComputerAndVideoGames.com разместило новость, оповещающую о том, что игры компании Ubisoft, использующие новую систему защиты от копирования — Silent Hunter V и Assassin's Creed II — были исключены из системы цифрового распространения Steam её владельцами. Веб-сайт сослался на некоего инсайдера в Valve, сообщившего, что было решено не размещать в системы игры, раздражающие клиентов [защитой от копирования], потому что компания дорожит своей репутацией. Запрет продажи данных игр в Steam коснулся только Великобритании. Ранее основатель компании Valve, которая владеет системой Steam, Гейб Ньюэлл выступал с критикой слишком сложных для пользователя систем защиты от копирования.