Все семь «Special Stages» в Sonic & Knuckles являются новыми, расположение сфер на них более запутанное, чем в Sonic the Hedgehog 3, что усложняет прохождение уровня. Кроме того, на уровнях «Special Stage» в этой игре присутствует ещё один вид сфер — жёлтые, которые катапультируют персонажей на дальние расстояния через целые поля других сфер.

Собрав все Изумруды Хаоса, Соник и Наклз получают возможность переходить в супер-форму, что увеличивает их скорость и делает неуязвимыми для врагов. В своей супер-форме Соник традиционно окрашивается в золотой цвет, а Наклз начинает мерцать белым.

Режим Debug Mode

Как и в предыдущих играх серии, в Sonic & Knuckles доступен особый режим игры — Debug Mode. Чтобы в него попасть, нужно сначала активировать меню выбора уровня. Для этого следует начать уровень «Mushroom Hill», повиснуть на одном из подъёмников (дёргая за который, игрок постепенно поднимается вверх) и быстро набрать комбинацию ВЛЕВО, ВЛЕВО, ВЛЕВО, ВПРАВО, ВПРАВО, ВПРАВО и ВВЕРХ, ВВЕРХ, ВВЕРХ. Должен прозвучать звон кольца, после чего нужно нажать Start+A. При повторной загрузке титульного экрана нажать их ещё раз.

Войдя в меню выбора уровня, игрок увидит ссылки и на зоны Sonic the Hedgehog 3, но они будут недоступными. Игроку следует снова нажать A+Start, выбрав один из уровней S&K.

В режиме Debug Mode управление несколько изменилось: кнопка «А» позволяет менять гравитацию, кнопка «В» — переключаться между обычной игрой и режимом «Debug Mode», кнопка С — устанавливать объекты, а комбинация B+С — быстрая прокрутка спрайтов персонажа.

Также с помощью Debug Mode имеется возможность играть на уровнях за тех персонажей, которым эти уровни не доступны. Однако почти везде встречаются графические недостатки, например зависание на уровне «Doomsday», отсутствующее в игре за Наклза на первом акте «Sky Sanctuary». Кроме того, на уровне можно найти несколько секретов и тайников при игре за Наклза, были даже сделаны спрайты бега вокруг башни в конце уровня.

Технология Lock-on

Лицензионный картридж Sonic & Knuckles был выпущен с поддержкой уникальной для всей серии Mega Drive-игр технологией под названием Lock-on. Эта технология позволяет соединять Sonic & Knuckles с другим картриджем данной платформы и в результате давать совмещённый вариант двух игр. Прежде всего, это касается предыдущей игры, Sonic the Hedgehog 3. Изначально разработчиками предполагалось, что Sonic 3 будет включать в себя ехидну Наклза как третьего игрового персонажа в дополнении к Сонику и Тейлзу и содержать уровни из Sonic & Knuckles (на экране выбора уровней Sonic 3 так и остались недействующие ссылки на три зоны из S&K, а также присутствует его саундтрек). Sonic 3 и Sonic & Knuckles планировались как одна большая игра, однако из-за ограниченного срока для её выпуска и высоких производственных затрат, которые потребовались бы для такого 34-мегабитного картриджа с NVRAM, разработчикам Sonic Team пришлось разделить её на две части, что, тем не менее, дало им больше времени на доработку Sonic & Knuckles. Технология Lock-on позволяет совместить Sonic the Hedgehog 3 и Sonic & Knuckles, давая возможность играть в одну большую полноценную игру, которая и планировалась ранее. Кроме Sonic 3, Sonic & Knuckles может соединяться с Sonic the Hedgehog 2, а также с Sonic the Hedgehog и некоторыми другими играми Mega Drive.