После завершения миссии над её входом появляется колокольчик. Если Соник коснётся его, оттуда вылетит нота, и некоторое время будет летать по Hub World. Поймав её, в зависимости от цвета ноты, игрок разблокирует музыку или изображение в Коллекционной Комнате. Прохождение определённых миссий открывает доступ к новым навыкам, которые игрок может купить в магазине.

Если один из Соников проходит все миссии в одной зоне, то половина области вокруг входа в зону раскрасится. Чтобы раскрасить всю область нужно пройти все миссии зоны за обоих Соников.

Навыки

В Hub World находится так называемый Магазин Навыков (Skill Shop), который предназначен для покупки Сониками новых способностей. В качестве валюты используются очки, зарабатываемые игроком после прохождения уровней. Не все навыки доступны в магазине с самого начала — некоторые открываются только после прохождения соответствующих миссий или сбора Красных Звёздных Колец. После покупки игроком навыка тот появляется у него в инвентаре и может быть использован.

Экипировка Соников навыками также происходит в магазине, при этом одни способности могут использовать оба Соника, другие — только Классический, третьи — только Современный. Каждый навык занимает определённое число очков в инвентаре. Из-за этого игрок не сможет экипировать Соников всеми купленными навыками за раз, а только теми, чьё количество очков не превышает 100.

Сами навыки разнообразны: например, с помощью одного из них Соник может временно превращать врагов в кольца, с помощью другого — быстрее бегать под водой, с помощью третьего — замедлять время и т. д. Другой пример: способность Классического Соника использовать приём Современного Соника homing attack.

В игре также присутствует возможность играть за Классического и Современного Супер Соников на обычных уровнях. Эта способность станет доступна после полного прохождения сюжетной линии и займёт все 100 очков в инвентаре. Для трансформации необходимо как минимум 50 колец, после того как игрок соберёт нужное количество, Соник сможет превратиться в свою супер-форму. По окончании превращения цвет Соника и его приёмов изменяется на золотой; теперь ёж не ходит/бегает по земле, а парит над ней и становится неуязвим для атак и опасных препятствий (таких как шипы или лава), но всё же может умереть, упав в пропасть. Современный Супер Соник может летать над землёй, и при этом достигать высоких скоростей. Каждую секунду пребывания в супер-форме Соник тратит по 2-3 кольца в секунду (это количество увеличивается при использовании приёма Boost). Ёж превращается в свою обычную форму, после того как у него закончатся кольца.

Кроме способностей в Магазине Навыков, игрок может покупать дополнительные жизни, а в консольных версиях можно купить контроллер, который открывает возможность поиграть в Sonic the Hedgehog — самую первую игру серии. Там же можно приобрести бесконечные жизни для этой же игры.

Коллекционная Комната

В левой части Hub World расположена Коллекционная Комната (Collection Room) в которой находятся бонусные материалы, разблокированные игроком:

• 13 игровых видеороликов. Открываются после первого воспроизведения в фактической игре.
• Изображения: 130 скетчей и артов к Sonic Generations и другим играм и персонажам, открывающиеся по мере сбора Красных Звёздных Колец и прохождения миссий.
• Музыка из различных игр серии. Всего содержится 50 треков; каждый разблокируется после сбора Красных Звёздных Колец или прохождения миссий. Каждый из доступных треков игрок может поставить в качестве звукового сопровождения на любой из уровней, боссов, противников или миссий.
• Описание 14 персонажей игры. Каждое из них открывается после спасения, либо победы над определённым персонажем.
• В Коллекционной Комнате находится секретная Комната Статуй (Statue Room). Игрок может попасть в неё, если зажмёт на несколько секунд кнопку «Back» (в версии для PlayStation 3 — «Select», а в версии для ПК — «Backspace»). После ввода определённых кодов, в данную комнату будут добавляться статуи объектов, врагов и персонажей из Sonic Generations (некоторые, такие как кот Биг, робот E-123 Омега, ястреб Джет, Чип и три вида Чао даже не появляются в игре).