Ноутбук Сота указал на его связь с группой сирийских террористов, базирующихся в Иерусалиме. Также АНБ стало известно, что то, ради чего Сот ворвался в «Солнье Криогеникс», он недавно передал им. Так что Сэма перебрасывают в Израиль и там он, при помощи агента местной разведки Шин Бет Далии Тал, выходит на подземное логово террористов. Но вскоре Далия предает Сэма, и тот вынужден её застрелить (этого можно и не делать, но тогда после выхода из подземелий Сэму придётся сразиться с отрядом снайперов), чтобы потом чудом избежать ловушки сирийцев, добыть информацию и покинуть Иерусалим живым. В ходе миссии устанавливается, что в Париже Сот был, чтобы забрать изобретение учёных «Солнье», которое позволяло безопасную транспортировку разработанного сирийскими террористами штамма оспы. Этот вирус является своеобразной «страховкой» для Садоно, чьё восстание Сот использует, чтобы отомстить США за нанесённые в прошлом обиды. Осознав размах этого плана, АНБ отправляет Сэма в лагерь повстанцев в джунглях Индонезии, чтобы понять, как именно работает «страховка». Выясняется, что каждый вечер Садоно делает звонок с кодовой фразой «Pandora Tomorrow», который через сервер на тайной подводной лодке у о. Комодо передается по всем местам хранения вируса на территории США. И, пока эти места не определены и все штаммы не обезврежены, уничтожение или захват Садоно невозможен. Впрочем, побывав на вышеозначенной подводной лодке, Сэм передает в АНБ информацию обо всех возможных точках хранения вируса, которые позже нейтрализуются агентами подразделения Shadownet.

Теперь настало время заняться лидерами этого заговора. Вначале Сэм проникает на захваченный индонезийский телецентр, где Садоно собирается выступить с обращением к якобы беспомощным США. Но до того, как ему удаётся это сделать, Фишер перебивает всех людей в студии и хватает Садоно, чтобы позже передать его американским военным. Сот в это время готовится к отчаянному удару по Лос-Анджелесскому аэропорту, планируя распылить вирус через систему вентиляции. Но Фишер успевает остановить его, нейтрализовать его помощников и обезвредить бомбу. Угроза миновала, Сэм уходит из здания аэропорта навстречу закату.

Миссии

Геймплей

Геймплей Pandora Tomorrow мало отличается от первой части серии. В игре немного улучшилось графическое оформление. Сэм получил в своё распоряжение пистолет с лазерным прицелом, который стреляет гораздо точнее, чем в Splinter Cell. Сэм научился открывать двери пока тащит тело врага. Для преодоления открытых проходов незамеченным Сэм получил возможность, называемую SWAT Turn. Кроме этого он научился делать split jump на половину. Версии для PlayStation 2 и Gamecube имеют дополнительные одиночные миссии, дабы компенсировать сокращенный геймплей по сравнению с PC и Xbox версиями.