Уайтли тем временем ушёл из группы и в короткий тур в поддержку альбома поехал новый басист Napalm Death — Шэйн Эмбери (бывший барабанщик Unseen Terror). Отметившись на знаменитых сессиях у Джона Пила, записав несколько вещей для различных сборников и сплит-альбома с японскими грайндкорщиками S.O.B., группа записывает в Birdsong Studios второй альбом — From Enslavement To Obliteration (1988) и в Slaughterhouse Studios — EP Mentally Murdered (1989). На последнем группа предложила слегка изменённый звук, миксующий грайндкор с дэт-металом. Тогда же Napalm Death впервые появились на английском телевидении в программе «Heavy Metal Special».

Далее последовал тур по Японии, после которого (в июле 1989 года), Стир и Дорриан покидают группу из-за того, что первый больше не мог разрываться между Napalm Death и Carcass, а второй основал свою дум-метал-группу Cathedral. Их места в группе сразу же занимают вокалист Марк «Барни» Гринуэй (экс-Benediction) и гитарист Джесси Пинтадо (экс-Terrorizer). В составе Гринуэй/Пинтадо/Эмбери/Харрис Napalm Death принимает участие в организованном Earache Records туре «Grindcrusher» вместе с теми же Carcass, Bolt Thrower и Morbid Angel. После этого тура в группу приходит второй гитарист — Митч Харрис.

От грайндкора к дэт-металу и обратно (1990—1994)

В 1990 году участники группы летят во Флориду, где в студии Morrisound Recording под руководством именитого продюсера Скотта Бёрнса (Death, Cannibal Corpse, Sepultura и др.) приступают к записи своего третьего альбома Harmony Corruption (1990). Музыкальный стиль на этой пластинке изменился, предложив более медленные и чёткие ритмические структуры, ознаменовав практически полный переход от грайндкора к дэт-металу. После выхода альбома группа отправилась в мировое турне, посетив в частности Бразилию. На одном из этих выступлений был записан первый официальный концертный альбом Napalm Death Live Corruption, а моменты самого тура были запечатлены на одноимённом видео, режиссёром которого стал известный в «металлических» кругах режиссёр Стив Пэйн.

Альбом вызвал неоднозначную реакцию среди британских фанатов группы, некоторые из которых увидели в переходе Napalm Death к дэт-металу симптом продажности. В ответ в марте 1991 года Napalm Death, отказавшись от дальнейшего сотрудничества с Бёрнсом, на радость поклонникам записывают в студии Violent Noise Experience Club EP Mass Appeal Madness, ставший возвращением группы к своим грайндкоровским корням. Эта запись, вместе с материалом EP Mentally Murdered, сингла 1990 года Suffer The Children, сплита с S.O.B. и живыми треками с Live Corruption позже вошла в первый официальный сборник группы Death By Manipulation (1992). В начале декабря 1991 года, накануне распада СССР, Napalm Death дают два концерта в московском Ледовом дворце Крылья Советов (совокупная аудитория — ориентировочно 14000 человек) вместе с группами Samael, Шах, Коррозия металла, Чёрный обелиск.

Тем временем Мик Харрис, отработавший с группой более пяти лет, покидает Napalm Death вследствие творческих разногласий, и барабанщиком становится Дэнни Херрера, старый друг Джесси Пинтадо. В принципе с приходом Херреры состав Napalm Death наконец-то устоялся, и дальнейшие изменения в нём были незначительны. Новый грайндкоровый альбом Utopia Banished продюсировался Колином Ричардсоном (позже работавшим с Machine Head, Slipknot, Cradle of Filth и др.) и вышел в июне 1992 года. В том же году группа едет сначала в европейский тур «Campaign for Musical Destruction» вместе с Dismember и Obituary, а затем и в американский (вместе с Sepultura, Sacred Reich и Sick of It All). В 1993 году группа издаёт EP Nazi Punks Fuck Off (заглавная вещь — кавер-версия песни Dead Kennedys) в поддержку антифашистских организаций, разошедшийся в итоге более чем 10 тысячами копий и приведший к тому, что на некоторых американских концертах группы начинаются беспорядки, устраиваемые неонацистами.