Ахундов критиковал все религии, в особенности догмы ислама, устои мусульманской веры. Ахундов считал, что все религии «абсурд и вымесел», которые являются главным препятствием в развитии и распространения просвещения, науки и культуры. Ахундов отвергал идею о Боге как первопричине мира, источнике бытия Вселенной, придерживаясь той точки зрения, что бытие Вселенной «…в своём происхождении не нуждается в каком-либо другом бытии и есть единое, целое, могущественное, совершенное, всеобъемлющее существо, источник множества бесчисленных разнообразных частиц вселенной относительно их субстанций…».

Излишне прямолинейно и субъективно критиковал, оскорблял своего верующего сына Рашида и жену Тубу-ханум, которая однажды бросила вызов его атеизму.

Из-за враждебности М.Ахундова к исламу и мусульманам чинились препятствия к его погребению на мусульманском кладбище в Тифлисе.

Ахундов являлся одним из предшественников иранского национализма. Как отмечает Свентоховский, Ахундов

В 1873 году на основе латинского и русского алфавитов Мирза Фатали Ахундов составил алфавит, полностью заменявший силлабический арабский и приспособленный к звуковым особенностям азербайджанского языка.

Государственная служба

1 ноября 1834 года Главноуправляющим в Грузии генерал-адъютантом бароном Григорием Владимировичем Розеном «как хорошо обученный языкам: арабскому, персидскому, турецкому и татарскому, назначен временно для занятий по Гражданской канцелярии Его Величества в помощь к штатным переводчикам».

В 1837 году состоял при Главноуправляющем Грузией генерал-адъютанте бароне Г. В. Розене в Абхазской экспедиции. Участвовал в высадке десанта на мыс Адлер.

В марте 1840 года по предписанию Тифлисского военного губернатора командирован в Гурию в качестве переводчика при Генерального штаба капитане Немировиче-Данченко для определения совместно с турецким комиссаром демаркационной границы со стороны Турции. 15 декабря 1840 года Мирза Фатали Ахундов был утверждён штатным письменным переводчиком восточных языков Учреждения для управления Закавказским краем.

2 февраля 1842 года Главноуправляющим Закавказским краем генералом от инфантерии Головиным был командирован с капитаном I ранга Путятиным в Астрабадский залив для прекращения набегов туркменских племен на персидские провинции Астрабад и Мазендеран. За «отлично-усердную службу» 2 октября 1842 года произведен в прапорщики.

1 марта 1846 года переведен письменным переводчиком в Канцелярию наместника кавказского. 30 июня 1846 года «за отлично-усердную службу» произведен в подпоручики. 26 июля 1846 года разрешено принять и носить пожалованный персидским шахом орден Льва и Солнца 3-й степени с алмазными украшениями.

По воле Наместника кавказского светлейшего князя М. С. Воронцова с 4 ноября 1848 года по 7 марта 1849 года был командирован в Персию для сопровождения генерал-лейтенанта Шиллинга, отправленного «с кабинетным письмом Государя Императора к Его Величеству Насреддин-шаху по случаю вступления его на престол».

10 марта 1850 года «Всемилостивейше награждён чином поручика». 19 августа 1852 года произведен в штабс-капитаны. 30 декабря 1854 года произведен в капитаны.

12 июля 1856 года по представлению командира Отдельного Кавказского корпуса генерал-адъютанта Н. Н. Муравьева за отлично-усердную службу, а также «за отличие в делах против неприятеля в продолжение кампании минувшего 1855 года в Азиатской Турции, Всемилостивейше пожалован орденом Святого Станислава 3-й степени».