В 1998 году Уэда вместе с продюсером Кандо начал работать над идеей игры, которую планировалось выпустить для приставки PlayStation. Концепция игры Ico была основана на трёх ключевых позициях: создание игры, отличной от аналогичных ей; последовательное создание особого художественного стиля; игра в вымышленном, но реалистичном сеттинге. Всего этого удалось достичь благодаря удалению из игры элементов, препятствующих её реалистичному восприятию. В игру не вошли никакие элементы графического интерфейса, сам игровой процесс фокусируется только на побеге из замка; также героям может попасться не более одного противника. В промежуточном оформлении игры Ико и Ёрда изображены как воины с рогами, похожие на тех, что привели Ико в замок. Изначально игра фокусировалась на попытке Ико отвести Ёрду, которая была похищена воинами, в её комнату. Уэда посчитал, что данная версия слишком детализована с графической точки зрения, и принял решение заменить воинов на теневых созданий. Для помощи в разработке Уэда нанял группу людей, не связанных с игровой индустрией. В неё входили два программиста, четыре художника и дизайнер; впоследствии команда стала известна как Team Ico. В работе над игрой Shadow of the Colossus Уэда не стал заимствовать минималистский стиль из Ico.

Через два года после начала разработки команда столкнулась с ограничениями консоли PlayStation и оказалась перед выбором: полностью остановить проект, подстроить игру под технические ограничения приставки или продолжать работу, ища другое решение. Команда решила сохранить оригинальный вариант Уэды и прибегла к использованию процессора Emotion Engine приставки PlayStation 2 — технически более совершенной платформы. Анимация персонажей была создана с помощью технологии ключевого кадра, использованной вместо более распространённой на тот момент техники motion capture. Ico стала одной из первых игр, в которых было задействовано свечение, ставшее одним из основных свойств приставок седьмого поколения. Разработка игры заняла четыре года. Уэда намеренно включил в игру неопределённую концовку, не указав точно, действительно ли Ёрда реально существовала, пока путешествовала вместе с Ико, или же это был сон главного героя.

Обложка японской версии и версий PAL-региона была нарисована лично Уэдой под влиянием работы художника-сюрреалиста Джорджо де Кирико «The Nostalgia of the Infinite». Уэда считал, что «сюрреалистический мир де Кирико сопоставим с аллегорическим миром игры». Из американской версии игры такая обложка была исключена, в ней также были недоступны дополнительные свойства, открываемые после единичного прохождения игры (например, режим двух игроков). Команда разработчиков не смогла обеспечить включение этих свойств к моменту запланированного выпуска игры в Северной Америке компанией Sony, однако включила их в более поздние релизы. Ясухидэ Кобаяси, вице-президент японского подразделения Sony, посчитал отсутствие на североамериканской обложке игры узнаваемого английского названия причиной низких продаж в Соединённых Штатах и объявил о намерении исправить данную ситуацию к выпуску The Last Guardian. Ограниченное издание оригинальной игры включало в себя картонную упаковку с художественными изображениями из игры и четыре карточки внутри упаковки. Как стандартное издание игра была переиздана в 2006 году в регионах SECAM и NTSC, кроме Франции.

Аудио

Диалоги в игре Ico, звучащие на вымышленном языке, сведены к минимуму. В состав актёров озвучки вошли Кадзухиро Синдо (Ико), Риэко Такахаси (Ёрда) и Ватанабэ (Королева). Слова Ико и Королева сопровождаются английскими или японскими (в зависимости от версии) субтитрами, а речь Ёрды представлена как символический язык. Уэда решил не переводить слова Ёрды, так как это могло способствовать преодолению языкового барьера между главными героями, что противоречило концепции игры. В неамериканских версиях игры при повторном прохождении символический текст заменяется на субтитры.