• Дробовик — эффективен на ближних дистанциях, но имеет существенный недостаток — долго перезаряжается. Имеет три вида боеприпасов: картечь, электрическая картечь, вызывающая электрошок и взрывающаяся картечь, поджигающая врага. Последние два вида картечи очень эффективны против Больших Папочек. В станциях усовершенствования оружия может быть увеличена сила наносимых повреждений и скорострельность (дробовик становится полуавтоматическим — не нужно вручную двигать затвор после каждого выстрела).

• Гранатомёт — оружие, наиболее эффективное против Больших Папочек. Имеет три вида боеприпасов: осколочные гранаты, мины, реагирующие на движение и снаряды, наводящиеся на тепло. В станциях усовершенствования оружия можно увеличить силу наносимых повреждений, а также приобрести защиту от своих собственных снарядов при взрыве.

• Химический распылитель — оружие разнопланового действия. Имеет три вида боеприпасов: напалм (аналогичен плазмиду «Сожжение!»), электрогель (почти тот же «Электрошок»; эффективен против Больших Папочек), жидкий азот (соответствует «Зимней свежести»). В станциях усовершенствования оружия может быть уменьшен расход топлива и увеличена дистанция, на которой эффективна струя из распылителя.

• Арбалет — сложное в использовании и медленное в перезарядке, но очень эффективное оружие; стреляет болтами, можно собирать уже выстреленные уцелевшие болты. Имеет три вида боеприпасов: болты со стальными наконечниками, болты-ловушки, зажигательные болты. Болты-ловушки можно использовать в тесных коридорах. Чтобы использовать болт-ловушку, нужно выстрелить, к примеру, в стену и отойти в сторону, через пару секунд из болта вылетит прочная наэлектризованная проволока и «кошка», которая воткнется в противоположную плоскость. Зажигательные болты поджигают врага. Все виды боеприпасов эффективны против Больших Папочек. В станциях усовершенствования оружия может быть увеличена вероятность сохранения болта после выстрела (для подбора и повторного использования) и увеличена сила наносимых повреждений.

• Фотосканер — не является оружием, но очень эффективное средство для увеличения наносимых повреждений врагам. Выясняет на генетическом уровне слабости врагов. В качестве боеприпасов выступает фотоплёнка. Максимальное количество заряжаемой плёнки — 100 кадров. Можно снимать, как живых, так и только что погибших врагов. Живых врагов можно снимать несколько раз. Снимать можно сплайсеров, Больших Папочек, Маленьких Сестричек, роботов охраны, камеры слежения. Существует 5 уровней съёмки. При многократной съёмке Сестричек даётся увеличение здоровья и количества ЕВЫ, которое Джек может носить в себе. При активной съёмке игроку даётся несколько бесплатных гентоников и плазмидов, некоторые из которых невозможно приобрести в Саду Собирателей (например, «Естественный камуфляж» и «Шестое чувство», позволяющий при обыске врагов находить другие вещи). Лучше всего ценятся кадры, на которых враг помещается целиком, находится в центре, как можно ближе к игроку. Модернизация фотосканера не предусмотрена, но имеются плазмиды, позволяющие ускорить процесс изучения врагов.

Плазмиды

Плазмиды — это специальная сыворотка, созданная из обработанного АДАМа, которая вводит особые клетки в организм человека, заставляя его мутировать и даёт сверхспособности. В начале игры Джеку даётся только 2 открытых слота для установки плазмидов. Игрок может купить дополнительно слоты для плазмидов в Саду Собирателей (максимум 6 слотов). Также в Генном банке игрок может заменить один плазмид на другой, перенеся в резервный банк. Используется совместно с Евой (сыворотка голубого цвета, состоящая из модифицированного АДАМа). АДАМ позволяет главному герою носить в себе плазмиды, а Ева позволяет их использовать.