• Глава 5: На радаре (Under the radar)

).

• Глава 6: Наш общий недруг (Our mutual Fiend)

В Белой Роще герои снова встречаются с лидером повстанцев и отцом Аликс Илаем Вэнсом. Вместе они направляются в первый отсек ракетной шахты, где Айзек Кляйнер и доктор Магнуссон, переругиваясь друг с другом, готовят к запуску ракету со спутником, который должен закрыть сверхпортал. Аликс передаёт Кляйнеру добытые в Цитадели данные. В этот момент происходит очередная тревога во втором отсеке шахты, и Магнуссон отправляет Фримена разобраться с этой проблемой (по его словам, эти тревоги происходят целый день и виной их служат обычные вороны). Однако истинной причиной этих тревог оказываются внезапно атаковавшие базу элитные силы Альянса. Магнуссон приказывает Фримену изолировать отсек, закрыв створки шахты, что тот и делает (при этом видно через люк отсека ракетной шахты одного из Советников, который, вероятно, возглавлял атаку).

После этого Гордон, Аликс, Илай и Кляйнер просматривают видеопослание, записанное Джудит Моссман. В нём Моссман сообщает об обнаружении считавшегося потерянным корабля «Борей», на борту которого предположительно находится опасная телепортационная технология, разработанная в Лаборатории исследования природы телепортации компании Aperture Science. Кляйнер предлагает использовать технологию против Альянса, но Илай решительно отвергает это предложение, помня катастрофу в Чёрной Мезе. Сначала он решает сам лететь туда, чтобы спасти Джудит и уничтожить «Борей», но Аликс убеждает его, что она и Гордон справятся. Внезапно, на пустом экране на мгновение появляется G-Man, и Аликс передаёт отцу его слова: «Будь готов к непредвиденным последствиям». Шокированному Илаю становится плохо, и когда Аликс выходит, чтобы принести ему чаю, он рассказывает Гордону о том, что в последний раз слышал эти слова в Чёрной Мезе, незадолго до катастрофы. По его словам, именно G-Man доставил образец аномального материала, из-за которого начался каскадный резонанс, и что именно G-Man тогда спас маленькую Аликс из Чёрной Мезы.

В этот момент доктор Магнуссон даёт Фримену новое задание — помочь повстанцам защитить Белую Рощу от массированной атаки боевых страйдеров, которые пытаются сорвать запуск ракеты. Магнуссон обучает Фримена обращению с созданным им оружием против страйдеров. Тем временем, техники повстанцев модернизируют машину Гордона — радар теперь снабжён детектором движения (показывает врагов красными точками, союзников — зелеными) и посылает сигнал на костюм, чтобы её (машину) было легче найти. Фримен и повстанцы принимают тяжелый бой против страйдеров в долине около базы, так как любой из них способен уничтожить ракету, подойдя к шахте на расстояние, необходимое для выстрела. Кроме того страйдеры постепенно разрушают укрепления повстанцев в постройках долины, где содержатся боеприпасы и мини-порталы, через которые доставляют устройства Магнуссона.

• Глава 7: T-Минус Один (T-minus one)

В благодарность за успешное отражение атаки именно Фримену доверяют начать запуск ракеты. Старт проходит успешно, после чего Магнуссон и Кляйнер остаются в командном центре, чтобы контролировать состояние спутника, а Гордон, Аликс и Илай выходят наружу и наблюдают за закрытием сверхпортала.

За время, пока подготавливался запуск ракеты и отражалось нападение страйдеров, Аликс успела починить и заправить старый вертолёт Ми-17, чтобы без промедления вылететь с Гордоном на поиски «Борея». Илай отправляется в вертолётный ангар, чтобы проводить героев в их скорое путешествие. В этот момент в ангар врываются двое Советников Альянса, один из которых убивает Илая Вэнса. Другой Советник обездвиживает Фримена и Аликс телекинезом и уже готовится убить Аликс, но их спасает пришедший на помощь Пёс, заставив Советников отступить. Игра заканчивается видом Аликс, плачущей над телом погибшего отца.