Некоторые миры из Kingdom Hearts фигурируют и в настоящей игре, но при этом в них появляются новые локации. Например, появилась Земля Драконов, похожая на Древний Китай и основанная на мультфильме «Мулан», Замок Чудовища — замок в французском стиле, основанный на мультфильме «Красавица и Чудовище», Вечная Река, основанная на одном из первых чёрно-белых диснеевских мультфильмов — «Пароходик Вилли», Порт-Ройал из фильма «Пираты Карибского моря: Проклятие „Чёрной жемчужины“», Земли Прайда — большая саванна из мультфильма «Король Лев», и Космические Параноиды из фильма «Трон» — киберпространство внутри компьютера, находящегося в Пустом Бастионе. Сумрачный Город из Chain of Memories также появляется в игре и играет значимую роль в сюжете. Мир, Которого Никогда Не Было — новый мир, в котором находится штаб-квартира Организации XIII.

Персонажи

Как и в первой игре, главный герой игры — Сора, 15-летний подросток, избранный Ключ-Клинком, волшебным оружием для борьбы с силами тьмы. Его сопровождают Дональд Дак, придворный маг Замка Дисней, и Гуфи, капитан охраны Замка Дисней. В первой Kingdom Hearts Король приказал Дональду и Гуфи найти «ключ», который должен спасти мир от Бессердечных — существ, являющихся порождениями тьмы. Как выяснилось, этот «ключ» был Ключ-Клинком Соры. Дональд и Гуфи стали лучшими друзьями Соры и отправились с ним в путешествие. Другие важные для сюжета персонажи — Рику и Каири, друзья детства главного героя с Островов Судьбы, Роксас — загадочный мальчик с Ключ-Клинком, и ДиЗ — мужчина в красном балахоне, замышляющий месть против Организации XIII.

Как и в предыдущих играх, в Kingdom Hearts II присутствуют как диснеевские персонажи, так и персонажи из серии игр Final Fantasy. Многие персонажи были в первой игре, другие появляются в серии впервые, так, например, среди диснеевских персонажей появляются Скрудж Макдак и Пит, а из персонажей Final Fantasy появляются впервые Сетцер из Final Fantasy VI, Сайфер, Фуудзин и Райдзин из Final Fantasy VIII, Тифа Локхарт из Final Fantasy VII, Виви Орнитир из Final Fantasy IX, Аурон из Final Fantasy X и Юна, Рикку и Пэйн из Final Fantasy X-2. Номура изначально не хотел включать в игру персонажей, дизайн которых он не делал собственноручно, так как опасался, что он не слишком хорошо знает их характеры и историю и что он не сможет правильно их воспроизвести в игре, но под давлением со стороны своих подчинённых поменял своё решение и вставил в игру Виви и Cетцера.

В диснеевских мирах к Соре в команду обычно вступают герои этих миров, таким образом, в Земле Драконов к подросткам присоединяется Фа Мулан — девушка, выдающая себя за мужчину, чтобы сражаться бок о бок со своим отцом, в Порт Рояле в команду вступает Джек Воробей — пират, желающий вернуть свой корабль, «Чёрную жемчужину», в Землях Прайда Соре помогает Симба, истинный король этих земель, а в Космических Параноидах Сора объединяется с Троном, программой, которая хочет положить конец господству Программы Мастер-Контроль.

Организация XIII, группа людей без сердец, является главными злодеями игры. Она контролирует Несуществующих — существ без сердец, оставшихся после того, как сердце существа превратилось в Бессердечного.