Каждая из четырёх эпох игры обладает отличительным внешним видом и тематикой. Игрок начинает свое путешествие в эпохе J'nanin, которая является связующим звеном между тремя другими эпохами и содержит подсказки к решению головоломок. Три другие эпохи — это Voltaic, пустынный остров, испещренный каньонами и заполненный созданными человеком конструкциями; Amateria — механический мир, посреди бесконечного моря; и Edanna — мир дикой природы, a world of preserved nature, изобилующий растениями и животными.

Собирая подсказки и взаимодействуя с окружающей средой, игрок решает тематически связанные головоломки. К примеру, книгу ведущую в Voltaic можно получить выстраивая в линию лучи света вокруг каньона. Мир содержит похожие, связанные со светом, головоломки. Головоломки в Edanna требуют манипуляций с экосистемой Эпохи. Для решения большинства головоломок, необходимо внимательно следить за взаимодействием элементов окружающей среды, а затем регулировать звенья между ними. Игрок может находить и просматривать, написанные персонажами игры, дневники или отдельные страницы, и через них раскрывать для себя предысторию игровых событий или находить разгадки головоломок. «Режим курсора» позволяет игроку выбирать предметы из персонального инвентаря внизу экрана.

Сюжет

События игры разворачиваются спустя десять лет после крушения мира Riven. Странник (Stranger), в роли которого снова выступает игрок, прибывает в новый дом А́труса (Atrus) и Катери́ны (Catherine), расположенный в завораживающем местечке под названием Тома́на (Tomahna). Это небольшой оазис, окруженный пустыней, находящийся, как выясняется позже в игре Uru: Ages Beyond Myst, непосредственно на Земле, а не в выдуманном Атрусом мире. К моменту прибытия Странника у Атруса подрастает маленькая дочь Йе́ша (Yeesha).

Как выясняется, Атрус пригласил своего друга для того, чтобы показать ему новый мир, написанный специально для уцелевших представителей цивилизации D'ni. Мир, в котором D'ni могли продолжить спокойную и безмятежную жизнь. Мир, получивший название Релиша́н (Releeshahn); одноименное название получает и книга-портал, ведущая в этот мир. В тот момент, когда Атрус направляется к стойке с книгой, из воздуха неожиданно появляется странно одетый человек, хватает «Релишан» и скрывается с ним в мире J'nanin.

Этого загадочного человека зовут Сааве́дро (Saavedro). Двадцать лет тому назад сыновья Атруса, Си́ррус (Sirrus) и Акена́р (Achenar), уничтожили родной мир Сааведро Narayan, а затем заперли его в J'nanin, как в тюрьму. Спустя долгие годы ожиданий, будучи уверенным в том, что Narayan полностью разрушен и все люди, жившие в нём, мертвы, Сааведро решает мстить. Мстить отцу за его сыновей. С этой целью он похищает столь дорогую сердцу Атруса книгу и скрывается в веренице загадочных миров. При этом бедный, отчаявшийся человек и не подозревает о том, что Атрус давно наказал своих сыновей за все их поступки...

Страннику предстоит пуститься в погоню за беглецом. Путь Сааведро простирается сквозь радугу миров, своеобразных и прекрасных, наполненных пением птиц, плеском волн и скрежетом невиданных механизмов, а также потерянными страницами из его дневника.

В игре предусмотрено пять альтернативных концовок.

Эпохи

Миры в игре называются «Эпохами» (Ages). Структура системы эпох напоминает оригинальный Myst: здесь также пристутствует «узловой» мир, решая головоломки в котором, игрок получает доступ к остальным книгам-порталам, ведущим в параллельные миры. Всего в игре представлено пять миров и одна «невыдуманная» область: