В Мемфисе Имхотеп рассказывает о оставшихся двух артефактах — Оке Хаоса и Деснице Равновесия. Герой находит Десницу в гробнице под Великим Сфинксом, при этом побеждая четырёх древних стражников — гигантских оживших статуй фараонов. Для заполучения Ока Хаоса игроку необходимо сразить Нехебкау, огромного человекоподобного скорпиона. Забрав артефакты, герой возвращается к Имхотепу.

Наградив героя, Имхотеп проводит ритуал, но он оканчивается неудачей - Боги игнорируют просьбы о помощи со стороны людей. Раздосадованный Имхотеп просит героя избавиться от второго Тельхина, который разрушает храмы по всему Египту. Нетронутым осталась гробница Рамзеса в Долине Царей близ Фив. Когда герой прибывает туда, то встречается со злодеем лицом к лицу и убивает его. Из рук Тельхина выпадает табличка, которую может расшифровать Имхотеп.

Имхотеп, расшифровав табличку, обнаруживает что последний, третий Тельхин ищет Серп Крона — оружие, способное убить бога. С помощью Жезла Вечности герой открывает в зале Прометея в храме Хатшепсут портал, доставляющий его до Вавилона, который осаждается третьим Тельхином.

Восток — В Вавилоне игрок сразу же попадает в Висячие сады Семирамиды. Закир из Ордена Прометея направляет героя в храм Мардука, расположенный наверху садов, где находится хранилище Серпа. Победив Химеру, герой обнаруживает раненую Фейан, которая попыталась, но не смогла остановить Тельхина. Тот направился по Шёлковому Пути.

Пройдя через джунгли, полные оживших растений и гигантских насекомых, и Ледовые Пещеры, заселённые неандертальцами и йети, игрок попадает на захваченную монстрами-пенгами Великую Китайскую стену, а после — в деревню Чжидан, где становится известно, что Тельхин направился в императорский дворец. В Чанг-Ане, городе выстроенном вокруг дворца, игрока ожидает выздоровевшая Фейан. Она сообщает догадку восточных мудрецов о том, что Тельхин собирается освободить титана Тифона, заключённого на земле. Местоположение его тюрьмы знает лишь Желтый Император, который находится в Нефритовом Чертоге.

На горе Чи Юн герой справляется с ордами тигролюдей и на вершине - с грозным демоническим быком Яогуаем и достигает Чертога. Император рассказывает о Тифоне — титане, заключённом под горой Вусао. Путь к Вусао подсказывает Фейан, всё ещё ожидающая героя в Чанг-Ане — гору от города отделяет Лес Предков, который населяют дракониды.

Внутри горы находится большая система пещер, ведущая к тюрьме Тифона, включающая сухие пещеры, глубинные пещеры с озерами магмы и пещеры из обсидиана. Титан заключён в обсидиановых пещерах, откуда его освобождает Тельхин на глазах у подоспевшего игрока. Тифон открывает портал и скрывается, Тельхин же остаётся сразиться с героем, дабы задержать преследователя. Герой убивает последнего из троицы злодеев и проходит в портал вслед за Тифоном.

Олимп — Олимп предстаёт длинной лестницей с редкими площадками и великолепным храмом на вершине. Гора осаждена монстрами, служившими Тельхинам и часть из них - самые грозные, могучие их представители, смогла попасть наверх, выступая охраной титану. Герой прорывается сквозь опасных противников навстречу главному злодею — Тифон ожидает игрока на самой вершине, где и происходит финальная битва. Убив титана, герой наконец-то получает возможность услышать ответ богов — те решили, что пришло время уйти, ибо боги находят людей готовыми к жизни без веры в высшие силы и могучими, дабы противостоять опасностям, что им и доказал герой.