Очередной «номерной» альбом «Песни рыбака» (2003) был частично записан в Индии; в записи его принимало участие большое количество индийских музыкантов, игравших на традиционных инструментах. Несмотря на несколько мрачную композицию «Человек из Кемерова», альбом оказался в целом позитивен по настрою. Чуть позже, к пятидесятилетию Гребенщикова, ограниченным тиражом в 300 экземпляров вышел двойной альбом-сборник «50 БГ», который продаётся только на концертах группы.

В 2003 году к «Аквариуму» присоединилось три музыканта-духовика — Фёдор Кувайцев (кларнет), участвовавший ещё в 1980-х в нескольких записях и выступлениях Александр Беренсон (труба) и Игорь Тимофеев (саксофон и флейта), и около года группа играла в составе девяти человек. В самом начале 2005 года группу покинул барабанщик Альберт Потапкин, а летом того же года — Беренсон и Кувайцев.

В 2004 году был также ограниченным тиражом выпущен 14-й сольный альбом Гребенщикова «Без слов». На альбоме 16 инструментальных композиций, представляющих собой японско-китайские мотивы.

Логическим продолжением деятельности группы в 2005 году стал альбом «ZOOM ZOOM ZOOM». Песни, составившие этот альбом, были написаны Гребенщиковым в испанском курортном городке Паламос.

В 2005 году на официальном сайте «Аквариума» появилось объявление о том, что по просьбе студии «Союз» в свет должны будут выйти два тематических сборника. В итоге в 2005 году появился сборник «Reggae» с одной новой песней «Слова растамана», подтвердивший восстановление интереса Гребенщикова к растафарианству, и в 2006 году — «Песни о любви» со студийной версией песни «Ключи от моих дверей». «Reggae» и «Песни о любви» не представляют собой сборники от самого «Аквариума», а являются сборниками от студии «Союз», изданными с разрешения группы.

В том же году у «Аквариума» появился новый басист — им стал Андрей Светлов.

Очередной альбом «Беспечный русский бродяга» вышел 5 апреля 2006 года. В альбом вошли две песни, исполнявшиеся на концертах ещё с конца 1990-х («Афанасий Никитин буги» и «Скорбец»), несколько композиций, близких по стилю к «Аквариуму» 1980-х («О смысле всего сущего», «Духовные люди») и к предыдущим альбомам «Песни рыбака» и «ZOOM ZOOM ZOOM» («Дело за мной», «Терапевт»). Встречаются на альбоме и нехарактерные для творчества группы эксперименты, вроде того же «Афанасий Никитин буги». Сразу несколько песен, в том числе и заглавная, посвящены алкогольной теме, причём с разных точек зрения.

В 2007 году состоялся релиз записанного восемнадцатью годами ранее альбома «Феодализм». Этот же год был отмечен такими значительными в истории группы событиями, как концерт в Альберт-Холле, одном из центральных концертных залов Лондона, и выступлением Гребенщикова в ООН (по приглашению гуру Шри Чинмоя).

В 2008 году на ещё одном концерте в Альберт-Холле был представлен проект «Аквариум International». Начиная с этого концерта, место бас-гитариста «Аквариума» вновь занял Александр Титов, игравший в группе в 1983—1989 и 1992—1996 годах. 3 декабря вышел очередной альбом «Лошадь белая», в котором снова принял участие Дживан Гаспарян (песня «Ещё один раз») и множество других приглашённых музыкантов, участников «Аквариум International».

15 октября 2009 года поступил в продажу новый альбом группы под названием «Пушкинская, 10», на котором представлены ранее написанные, но не вошедшие в предыдущие альбомы песни.

Сезон 2009—2010 группа выступает в России и ближнем Зарубежье с концертным туром «День Радости», в большинстве концертов которого в составе «Аквариума» выступает ирландский флейтист Brian Finnegan. Запись одного из этих концертов, прошедшего 14 декабря 2009 года в Екатеринбурге, легла в основу одноимённого концертного альбома.