5 декабря «ДДТ» отбыли в своё третье американское турне, которое охватило три города в Канаде и четыре в США.

В ноябре 2002 года увидел свет новый альбом группы «Единочество. Часть I: Мама, это рок-н-ролл?». На песню «Осенняя» был снят клип, также песня вошла в саундтрек к телесериалу «Ледниковый период».

27 мая 2003 года, ровно через полгода после выхода первой части альбома «Единочество», вышла вторая часть. Запись альбома «Единочество. Часть II. Живой» проходила с января 2002 года в Санкт-Петербурге на студии «ДДТ».

Во время записи альбома группу покидает гитарист Вадим Курылёв, на его место приходит Алексей Федичев.

В апреле 2005 года группа ДДТ выпускает альбом «Пропавший без вести» и отправляется в концертный тур в поддержку альбома и в честь собственного двадцатипятилетия. Во время тура «Пропавший без вести» были даны 47 концертов по городам России, Украины, Белоруссии, Германии, Израиля и Великобритании. Есть версия, что альбом «Пропавший без вести» посвящён бывшему участнику группы Владимиру Сигачёву, о котором ничего не известно с 1993 года.

В 2006 году группа начинает готовить запись очередного альбома и практически останавливает концертную деятельность, выступая лишь по особым случаям.

19 апреля 2007 года выходит новый альбом группы под названием «Прекрасная любовь», представляющий собой сборник старых и новых песен, которые исполнялись Юрием Шевчуком сольно, под гитару, и не издавались ранее в студийных версиях, за исключением некоторых песен.

5 мая 2007 года группа дала акустический концерт на камерной площадке в Доме-музее Булата Окуджавы, в котором прозвучали песни с альбома, одноимённую заглавную композицию с которого Шевчук исполнил Окуджаве при личной встрече в 1995 году.

В январе 2008 года «ДДТ» выступает с серией из пяти концертов в городах США и Канады (Лос-Анджелес, Сан-Франциско, Торонто, Чикаго, Нью-Йорк). Исполняется порядка 30 песен.

3 марта 2008 года Юрий Шевчук выступил с речью на акции протеста против результатов выборов «Марша несогласных» в Санкт-Петербурге.

С апреля по июль при информационной поддержке Русской Православной Церкви группа играла миссионерский тур по городам Украины в честь 1020-летия Крещения Руси. На разогреве у «ДДТ» выступали украинские группы «Скай» и «Братья Карамазовы», а известный миссионер диакон Андрей Кураев читал проповеди, обращённые к молодым поклонникам петербургского коллектива. Главным концертом тура стало выступление в Киеве на Спивочем поле, которое собрало более ста тысяч зрителей.

24 и 26 сентября 2008 года «ДДТ» выступали с программой «Не стреляй!» в Москве и Санкт-Петербурге соответственно. Концерты были посвящены жертвам локальных войн последних десятилетий. Вместе с «ДДТ» выступили коллективы из Грузии и Южной Осетии, группа «Братья Карамазовы», а также диакон Андрей Кураев, который произнёс пятиминутную проповедь. Часть собранных от выступления средств была направлена жертвам военного конфликта в Южной Осетии. Эти два концерта были последними выступлениями «ДДТ» в 2008 году, после которых группа уединилась на своей петербургской студии для работы над новым альбомом. Концерт в Петербурге был снят петербургским Пятым каналом и показан 4 ноября 2008 года. Показ концерта не прерывался рекламой.

Летом 2009 вышла книга Юрия Шевчука «Сольник».

7 июня 2009 года «ДДТ» презентовали свою новую программу в Нарвской крепости (Эстония) рядом с эстоно-российской границей.