Как бы в подтверждение старой поговорки «никогда не говори никогда» в 1996 году был возрождён «золотой» состав Yes в лице Андерсона, Сквайра, Уайта, Хау и Уэйкмана. Музыканты собрались вместе, чтобы дать три концерта в калифорнийском городе Сан Луис Обиспо. Запись этих выступлений, как и двойной концертно-студийный диск Keys to Ascension, была издана под лейблом компании CMC International. Участники группы оказались недовольны тем, что новый материал был разделён на две части, а не вышел как один альбом. Команду в очередной раз покинул Уэйкман, недовольный тем, что будущий гастрольный тур был спланирован без его участия.

Место ушедшего Уэйкмана занял клавишник и гитарист Билли Шервуд. Близкий друг лидера Yes Криса Сквайра, Шервуд добился заметного успеха в 80-х, выступая в прог-поп-группе «World Trade». Альбом группы Open Your Eyes, вышедший в 1997 году, изначально планировался именно как совместная работа Сквайра и Шервуда. Однако в итоге диск был переработан и выпущен под вывеской Yes, главным образом по причинам контрактных обязательств. Музыканты группы, желая получить больше прав, подписали новый контракт с компанией "Beyond Music". В последовавшем концертном туре в репертуаре Yes присутствовало лишь несколько новых песен, акцент же был сделан на классических композициях, таких как «Siberian Khatru». К радости большинства поклонников, в состав группы был возвращён Стив Хау, что сделало звучание ещё более близким к 70-м годам. Клавишные партии во время концертов исполнял приглашённый российский музыкант Игорь Хорошев (в дальнейшем он влился в состав Yes и принял участие в записи альбома The Ladder). Этот диск стал последней совместной работой группы и продюсера Брюса Фэйрберна.

Возвращение к звучанию 1970-х состоялось во многом благодаря новому клавишнику группы Игорю Хорошеву. Манера его игры имела заметное классическое влияние, также он активно использовал семплы британской команды The Prodigy. Роль Шервуда во время живых выступлений была сведена до исполнения бэк-вокала и партий ритм-гитары. Стив Хау отказался от исполнения соло-партий Рэбина, утверждая, что его стиль не совместим с этой задачей. Стив также упрекал Рэбина за недостаточно качественное исполнение классических гитарных партий из репертуара Yes, а также за излишнее смягчение звука команды, что последний, естественно, категорически отрицал. В 1999 году на DVD была издана запись концерта Yes в Лас-Вегасе. Песня «Homeworld (The Ladder)» из альбома The Ladder была использована в стратегической видеоигре Homeworld, выпущенной компанией Relic Entertainment.

Новое тысячелетие

В преддверии нового гастрольного тура 2000 года группу вынужден был покинуть Шервуд. Во время концертных выступлений музыканты Yes исполняли основательно подзабытую композицию времён Мораза «The Gates of Delirium». По окончании гастролей из команды был уволен Хорошев, причиной чего стало его сомнительное поведение вне сцены (поводом для увольнения послужил инцидент, когда Игорь был обвинён в одновременном домогательстве двумя собственными охранницами. Заметим, что в семидесятые или в восьмидесятые годы такое обвинение звучало бы абсурдно).

В 2001 году был издан студийный альбом Magnification. Во время записи участникам группы аккомпанировал симфонический оркестр, состоящий из 60 человек, а специальные партии и аранжировку написал знаменитый кинокомпозитор Ларри Груп. Вслед за выпуском альбома последовал гастрольный тур, во время которого к команде присоединился клавишник Том Брислин, призванный дополнить оркестр, не всегда способный адекватно интерпретировать клавишные партии из композиций Yes. В ходе концертного тура группа впервые выступила в Москве.