В 2002 году о своём возвращении в состав Yes, к вящей радости поклонников коллектива, заявил Рик Уэйкман. Начался мировой гастрольный тур, во время которого группа после 30-летнего перерыва вновь посетила Австралию. Музыканты Yes были рады вновь оказаться в центре внимания после периода относительного затишья. Своего апогея возрождённый интерес к творчеству коллектива достиг во время празднования 35-летнего юбилея группы в 2004 году. По итогам онлайн-голосования были определены самые популярные среди фанатов композиции группы. Следуя пожеланиями публики в концертный репертуар Yes, в частности, была включена песня «South Side of the Sky» из альбома Fragile, ранее весьма нечасто звучавшая со сцены.

Безмерная любовь преданной публики была ярко продемонстрирована музыкантам Yes во время их памятного выступления в нью-йоркском Madison Square Garden. В конце знаменитой композиции «And You And I», после исполнения Стивом Хау гитарного проигрыша, зал взорвался аплодисментами. Овация продолжалась очень долго, а когда музыканты собрались продолжить выступление, оказалось, что кто-то из поклонников успел позаимствовать гитару Хау, так что финальную часть песни пришлось исполнить клавишнику Уэйкману.

Возрождённый классический состав группы исполнил ряд своих лучших песен в акустических аранжировках на специально организованном концерте, который напрямую транслировался по спутниковому телевидению. Фрагменты этого выступления была позднее включены в документальный фильм Yesspeak.

В октябре 2002 года знаменитая песня «Owner of a Lonely Heart» появилась в популярной компьютерной игре Grand Theft Auto: Vice City.

11 ноября 2004 года имело место единичное выступление альтернативного состава Yes в лице Рэбина, Хау, Сквайра, Уайта и Джоффа Даунса. Концерт состоялся на стадионе Уэмбли и был посвящён 25-летию творческой деятельности вокалиста и продюсера Тревора Хорна. Удивило отсутствие в составе Yes Джона Андерсона, официальной причиной чего стало недомогание певца (по слухам же имело место нежелание акцентировать внимание на роли Хорна в успехе группы). Отказался от своего участия и Рик Уэйкман. Несмотря на эти противоречия, поклонники Yes были рады впервые после десятилетнего перерыва услышать исполнение гитариста Тревора Рэбина, вновь, как во время гастрольного тура Union, составившего дуэт со Стивом Хау.

В 2005 году DJ Max Graham сделал ремикс на песню «Owner of a Lonely Heart», который вошёл в лучшую десятку британского хит-парада.

С 2004 года дальнейшее существование группы было поставлено под большое сомнение. Хау, Сквайр, Уэйкман и Уайт выражали готовность приступить к работе над новым материалом, однако категорический отказ вокалиста Андерсона поставил крест на этих планах. Таким образом, музыканты Yes сосредоточились на сольной деятельности. Уайт сформировал новую группу, назвав её своим именем и включив в её состав Даунса. Дебютный альбом команды вышел в свет в апреле 2006 года. Крис Сквайр в 2004 году возродил коллектив 1960-х The Syn, в котором выступал до того, как им была основана группа Yes. В октябре 2006 года серию совместных концертов провели Джон Андерсон и Рик Уэйкман. Во время выступлений они исполняли наряду с собственными песнями и классические композиции из репертуара Yes. В начале 2007 года Шервуд, Кей и Уайт, призвав под свои знамёна гитариста Джимми Хауна, организовали группу Circa:. Дебютный альбом команды — Circa:2007— доступен на её официальном сайте. Первый концерт группы состоялся в августе 2007 года в американском городе Сан Хуан Капистрано. Музыканты Circa: вначале представили на суд публики композиции из своего первого альбома, а затем исполнили часовое попурри, составленное из песен группы Yes.