Весной 1899 года Мережковский с женой уехал на курорт Бад-Гомбург неподалеку от Франкфурта. Осень и большую часть следующего года супруги провели в Вене и Риме. К этому времени Мережковского окончательно захватили вопросы религии; этот радикальный поворот в развитии его мировоззрения в полной мере отразился в новой работе. «Л. Толстой и Достоевский», печатавшийся в «Мире искусства» (№ 1-4, 7-12 1900; № 4-12, 1901), был признан впоследствии самой значительной литературно-критической работой писателя; он вызвал широкий общественный резонанс — особенно после того, как отдельным изданием вышел в двух книгах в 1902 году.

Трактат, во многом посвящённый анализу путей становления русской литературы, иллюстрировал и ход эволюции мировоззрения самого Мережковского, к этому времени всерьёз занявшегося осмыслением вопросов, связанных с христианством и соборной церковью. Г. В. Адамович в статье «Мережковский» вспоминал, что «если разговор был действительно оживлён, если было в нём напряжение, рано или поздно сбивался он на единую, постоянную тему Мережковского — на смысл и значение Евангелия. Пока слово это не было произнесено, спор оставался поверхностным, и собеседники чувствовали, что играют в прятки».

Работа Мережковского появилась в момент обострения конфликта Толстого с русской православной церковью. Мережковский (оговариваясь: «Мое отношение к Толстому, хотя и совершенно цензурное, но не враждебное, а скорее сочувственное»), считал отлучение его от церкви знаком того, что Русская православная церковь «оправляется от паралича» и начинает вновь сознавать себя «…мистическим организмом, не терпящим компромиссов догматического характера».

После создания журнала «Новый путь» Мережковские предприняли попытку примирения с Л. Толстым и, как предполагалось, даже рассчитывали на сотрудничество с ним. В 1904 году Толстой пригласил супругов на встречу в Ясную Поляну: встреча прошла почти в дружеской атмосфере. «…Я рад, что вы ко мне приехали. Значит, вы уже ничего против меня не имеете…», — заметил, прощаясь, хозяин дома. Формальное примирение было достигнуто, но, как писала Гиппиус, «религию Толстого» Мережковский не принимал до конца своих дней.

Феномен «троебратства»

Поздней осенью 1900 года на квартире у Мережковских прошли первые «мистические собрания», целью которых являлось создание «новой церкви», идею которой первой сформулировала Гиппиус. К своему «религиозному братству» Мережковские пытались привлечь всех «мирискусников», однако всерьёз к этой затее отнёсся только Д. В. Философов: так кружок сократился до треугольника. Постепенно в результате сложных перипетий в личных взаимоотношениях и мировоззренческих коллизиях сложился «тройственный союз» Д. Мережковского, З. Гиппиус и Д. Философова, имевший для его участников символический смысл, связанный с идеями «Третьего Завета» («царства Духа»), которые в те годы разрабатывал Мережковский. Н. А. Бердяев видел в союзе Мережковский—Гиппиус—Философов отражение их религиозной веры в «тайну трёх», через которую должна была «сложиться новая Святая Троица, новая церковь Святого Духа, в которой раскроется тайна бытия».

«Троебратство» (как называли организацию её участники) стали совершать дома подобие «малого богослужения» — с вином, цветами, виноградом, импровизированными молитвами. Считалось, что родилась «новая церковь» 29 марта 1901 года: именно тогда, в Великий Четверг, чета Мережковских и Философов провели совместную молитву по специальному ритуалу. Новость о «доморощенной церкви» многих ввергла в недоумение; в частности, «взбесила Бердяева, и он окончательно вошёл в православие». В «мужском союзе», который объединял в себе журнал «Мир искусства», поведение Философова расценили как «измену»: с этого момента начался конфликт Мережковских с редакцией журнала, с Дягилевым — прежде всего404. Отношения Мережковских с Философовым также были небезоблачными; в 1902 году он вернулся к Дягилеву, оставив супругам записку: «Я выхожу из нашего союза не потому, что не верю в дело, а потому, что я лично не могу в этом участвовать»406. После того, как в «Мире искусства» была завершена публикация трактата Мережковского о Толстом, его сотрудничество с журналом прекратилось. В феврале 1902 года со смертью А. Давыдовой для него окончательно закрылся и журнал «Мир Божий».