Марл вновь оказывается в 1 году н. э. и в этот раз встречается со своим далёким предком Седриком, первым королём Гардии, который с помощью Замёрзшего Пламени силой подчинил себе весь мир. Агент Хронополиса под кодовым именем 12 переносит девушку обратно в будущее. Друзья выясняют, что другие путешественники во времени — рептилии Сакулха (Cakula), Коёпа (Koyopa) и Ялук (Yaluk) — выжили в этой временной линии и попали под власть короля Зиля. Хроно и его команде удаётся вернуть Масамунэ в древние века и остановить войну Мистиков. В 1005 году н. э. начинаются дипломатические переговоры. Однако Порры под влиянием Зиля и Дальтона, которые назначаются главнокомандующими, начинают штурм. Король Гардии погибает в битве. Друзья вновь решают отправиться в 11 995 год до н. э. вместе с Шалой, чтобы вернуть Замёрзшее Пламя в древние века и не дать королю Зилю его найти. Однако это приводит к пробуждению древних сил, и каждому участнику отряда приходится побороть собственные страхи, порождаемые Пламенем. Король Зиль отступает, но высвобожденные силы отбрасывают Шалу во Тьму Вне Времён. Потерпев неудачу, отряд отправляется в глубокую древность, называемую Временем Снов (Dreamtime), чтобы найти Гаспара — он отправился сюда, чтобы наблюдать рождение планеты. Здесь на них вновь нападает Зиль. Хроно оказывается рядом с рождающейся планетой и частично получает её знание. Друзья выясняют, что Зиль пытается восстановить своё королевство в 11 995 году до н. э.

Отряд возвращается в древние времена и побеждает Дальтона. Король Зиль чувствует, что его план близок к исполнению, но Бальтазар и Мельхиор, появившиеся в этом временном периоде, убеждают его передумать. Зиль покидает Камень Солнца (Sun Stone), с помощью которого он собирался восстановить своё королевство, и отправляется на Северный Мыс. Он выясняет, что Лавос выжил после событий Chrono Trigger и обитает во Тьме Вне Времени. С помощью Замёрзшего Пламени он воскресил короля Зиля и использовал, чтобы отомстить Хроно и его друзьям. После того, как Шалу отбросило во Тьму Вне Времён, Лавос начал сливаться с ней, как он делал это со всеми «Арбитрами», использовавшими Замёрзшее Пламя. Лавос призывает короля, чтобы поглотить его и превратиться в Пожирателя Снов (Dream Devourer, он появлялся в Chrono Trigger DS). Отряд преследует Зиля и вновь вступает с ним в схватку, понимая, что его воля сильнее Лавоса — он будет доминировать, слившись с ним, и сумеет восстановить королевство, став Пожирателем Снов. Отряду Хроно удаётся победить короля и вернуться в Хронополис. Они замечают, что Врата планеты снова закрываются, и отправляются каждый в свой временной период, обещая видеться время от времени. Бальтазар обнаруживает, что получил Замёрзшее Пламя и что Лавос жив и постепенно превращается в Пожирателя Времени (с которым встретятся герои Chrono Cross). Таким образом, Бальтазар начинает «Проект Кид». Игра заканчивается тем, что Магус захватывает короля Зиля в 11 995 году до н. э. и заставляет обучить его магии времени.

История создания

Проект Crimson Echoes был запущен ZeaLitY в 2004 году. Команда разработчиков, названная Kajar Laboratories, в основном состояла из активных участников фанатского сайта Chrono Compendium. Командой руководил директор Agent 12 и два помощника директора — ZeaLitY и Chrono’99. Для создания истории, которая бы продолжала сюжетную линию Chrono Trigger и предваряла Chrono Cross, команда обратилась к материалам Chrono Compendium и фанатской базе знаний.