Спустя неделю после завершения предыдущего задания Снейка снова посылают на советскую территорию в рамках операции «Пожиратель змей», где ему предстоит выполнить обещания США перед советской стороной. Во время этой миссии он получает поддержку от бывшего агента АНБ Евы, которая несколькими годами ранее бежала в Советский Союз (хотя Снейку сообщили, что ему будет помогать Адам). После многочисленных столкновений с отрядом «Оцелот» и уничтожения почти всех членов отряда «Кобра» Снейк успешно обнаруживает местонахождение Соколова и похищенного «Шагохода», но его берут в плен и помещают в военную крепость Волгина «Грозный Град». Узнав, что Волгин до смерти избил Соколова, Снейк спасает Еву от пули Оцелота, но теряет глаз. В конце концов Снейку удаётся сбежать.

Вернувшись в здание, чтобы уничтожить «Шагоход», Снейк узнаёт о группировке «Философов». Созданная наиболее влиятельными людьми из США, СССР и Китая, эта организация тайно держала под контролем весь мир. Однако после окончания Второй мировой войны члены организации начали воевать друг против друга, и организация распалась. Денежные средства организации («Наследие»), совместно накопленные для финансирования войн (около 100 млрд. долларов), были поделены и спрятаны в банках по всему миру. Волгин незаконно присвоил себе эти деньги, а правительство США, как становится известно Снейку, собирается их вернуть.

Снейк продолжает выполнение миссии и уничтожает крепость и «Шагоход», а затем сталкивается с Волгиным. Полковник погибает от удара электричеством, а Снейк и Ева отправляются к озеру, где спрятан экраноплан. Но до того, как им удаётся сбежать на нём, Снейк вступает в бой с Боссом, которую он согласно миссии должен убить. После напряжённого боя Снейк преодолевает свои чувства и уничтожает её. Вместе с Евой Снейк бежит на Аляску, они вместе проводят ночь. Затем Ева исчезает, оставив магнитофонную запись с признанием в том, что она — китайский шпион, посланная, чтобы украсть Наследие «Философов» для Китая. Ева также сообщает, что на самом деле Босс не переходила на сторону Советского Союза — ей приказали притвориться перебежчицей, чтобы внедриться в окружение Волгина и узнать о местонахождении Наследия, которое Америка собиралась заполучить. Выполняя свою миссию, она должна была пожертвовать своим добрым именем, до конца притворяясь предателем, и погибнуть от рук Снейка, чтобы доказать непричастность США к устроенной Волгиным ядерной атаке.

После окончания всех объяснений Снейк получает титул «Биг Босс» и награждается Крестом «За выдающиеся заслуги» в присутствии восторженной толпы. Однако Снейк, деморализованный и потрясённый признаниями Евы, берёт свою медаль и сразу покидает церемонию, попытавшись всё объяснить своим товарищам. Позднее он посещает безымянную могилу, где лежит Босс, на Арлингтонском национальном кладбище. Он кладёт на эту могилу пистолет Босса и букет лилий, а в это время запускаются салюты. Герой роняет единственную слезу.

После финальных титров слышен голос Оцелота, разговаривающего с руководителем ЦРУ по телефону. Оцелот сообщает, что украденный Евой микрофильм был подделкой, и что половина Наследия «Философов» сейчас в руках американцев. Выясняется, что Оцелот с самого начала работал на три стороны. Он говорит, что является тем самым Адамом, работающим на ЦРУ.

Разработка

Изначально предполагалось, что игра будет разрабатываться для консоли PlayStation 3, однако в связи с нескорым выходом новой приставки целевой платформой была выбрана PlayStation 2. С самого начала руководитель проекта Кодзима хотел коренным образом изменить сеттинг из предыдущих игр. Он отмечал, что создания сеттинга джунглей хотели не только разработчики, но и поклонники серии Metal Gear. В то же время он признавал, что окружающая среда джунглей — погода, ландшафт и живность — трудна в создании. Поскольку в предыдущих частях игрок начинал игру рядом с вражеской базой (а иногда уже и в ней), Кодзима на этот раз решил сделать Snake Eater более реалистичной, определив место начала миссии за несколько миль от цивилизации, чтобы Снейку самостоятельно пришлось искать путь к вражескому лагерю.