Джей-Си возвращается в штаб UNATCO. Мандерли предупреждает, что в каждого из Дентонов был встроен особый имплантат, «Кнопка смерти» (Killswitch), который будет запущен в случае выхода агента из-под контроля и убьёт его в течение суток. «Кнопка смерти» Пола уже запущена, а Джей-Си отправляют в Гонконг с заданием устранить партнёра Пола — учёного Трейсера Тонга. Но пилот вертолёта оказывается союзником Пола и привозит его на квартиру того в «Адской кухне». Там Пол просит брата проникнуть на базу NSF в Нью-Йорке, занятую войсками UNATCO, и отправить оттуда сигнал об опасности другим отделениям NSF и их союзникам. Когда Джей-Си делает это, Уолтон Саймонс объявляет его террористом, как брата. Когда Джей-Си возвращается к Полу, квартиру того штурмуют войска UNATCO во главе с «людьми в чёрном». От того, станет ли игрок защищать Пола или сбежит, зависит, выживет ли Пол после этого. В обоих случаях Джей-Си берут в плен.

Джей-Си приходит в сознание в камере в странном бункере. По радио с ним связывается некто, называющий себя Дедалом (Daedalus), и помогает ему сбежать. Джей-Си исследует комплекс и узнаёт, что тот принадлежит организации под названием Маджестик-12 (Majestic 12) и занимается исследованиями существ, созданных с помощью генной инженерии. Дентон находит своего брата (находящегося в плену или мёртвого, в зависимости от действий игрока на прошлом уровне) и узнаёт, что Трейсер Тонг может отключить «Кнопку смерти». Он выбирается из комплекса, который оказывается одним из уровней штаб-квартиры UNATCO, убивает Мандерли и Анну Наварре (если не убил её раньше) и улетает в Гонконг.

В Гонконге Джей-Си узнаёт, что Тонг — глава триады «Сияющий путь» (Luminous Path), которая ведёт войну с другой триадой — «Красная Стрела» (Red Arrow). Противостояние началось после убийства главы «Красной стрелы» и кражи у него прототипа новейшего нанотехнологического меча «Зуб Дракона» (Dragon's Tooth), в чём обвинили «Сияющий путь». Тонг подозревает в этой провокации Мэгги Чоу, бывшую актрису, ушедшую в политику. В её резиденции Джей-Си находит меч и выясняет, что Чоу работает на Маджестик-12 и спровоцировала войну триад, чтобы ослабить их и позволить войскам Маджестик-12 захватить Гонконг. После возвращения меча триады заключают перемирие, Тонг отключает «Кнопку смерти» Джей-Си и просит его добыть технологию производства меча из здания корпорации ВерсаЛайф (VersaLife). Там Джей-Си находит не только схемы производства меча, но и главный бункер Маджестик-12 и выясняет, что её главой является известный мультимиллиардер и филантроп Боб Пейдж. Дентон находит и уничтожает «Универсальный конструктор» (Universal Constructor) — нанотехнологический механизм, который и производил вирус «Серой Смерти», а также копирует код вируса. Исследовав этот код, Тонг делает вывод, что вирус создан с помощью технологий иллюминатов и отправляет Джей-Си в Нью-Йорк на встречу с их представителем — Стентоном Доудом. В то же время Алекс Якобсон, связист UNATCO, оставшийся верным Джей-Си, сообщает, что по его данным Дедал — это искусственный интеллект, разработанный для системы Эшелон-4, но вышедший из-под контроля создателей; а Тонг предупреждает, что на охоту за Дентоном отправлен лучший боец UNATCO Гюнтер Германн.

Доуд сообщает, что «Серой Смерти» произведено уже достаточно, чтобы заразить целый континент, и что сейчас все её запасы погружены на корабль, прибывший в Нью-Йорк с целью массового заражения США. Джей-Си устраивает диверсию, в результате которой корабль тонет, после чего снова встречается с Доудом. Тот рассказывает, что изначально вирус разрабатывался в исследовательских целях, а Боб Пейдж — бывший иллюминат. Разочаровавшись в целях общества, Пейдж основал собственную военизированную группировку «Маджестик-12» и украл у иллюминатов некоторые разработки, включая код вируса. Доуд сообщает, что иллюминаты разрабатывают лекарство от вируса и отправляет Джей-Си в Париж к их лидеру — Моргану Эверетту.