Выясняется, что люди, населяющие остров, называющие себя Братство солнца, будь то моряки, пираты или учёные, также случайно попали на берег, не смогли выбраться и остались на нём жить, и объединились в группы под руководством Матиаса. Островитяне верят, что Пимико заманивает суда на остров и не выпускает их обратно. Матиас узнаёт, что Саманта является дальней родственницей легендарной Императрицы. И для того чтобы покинуть остров, он решает принести Сэм в жертву. По пути во дворец, рулевой Гримм, схватившись с одним из противников, падает в пропасть. Лара, обвиняя себя в его смерти, при поддержке Ротта, добирается до места назначения. Однако разожжённый Матиасом костёр, в котором находилась Саманта, тушится из-за порыва ветра, отмечая её как наследницу Императрицы Солнца. Меж тем, схваченной Ларе удаётся вырваться и скрыться.

Во дворце Лара встречает Уитмена, который говорит, что Падальщики дали ему некоторую долю свободы, разрешая свободно перемещаться. У капитана получается связаться с вертолётом, который подлетает к горящему зданию. Лара едва успевает запрыгнуть на борт. Пока Крофт пытается заставить пилота приземлиться и вернуться за остальными, вертолёт попадает в бурю и падает. Лара чуть не погибает в аварии, но её реанимирует Ротт. Добравшееся до места крушения Братство убивает Конрада томагавком, который предназначался для главной героини. Впоследствии его тело сжигают на костре.

Освободив всех членов команды, которых захватили в плен, Лара начинает подозревать Уитмена в связи с сектантами. Лара и Алекс возвращаются на корабль «Эндьюранс», для того чтобы взять инструменты, без которых не получится отремонтировать катер. Добыв их, Алекс попадает под завал. Он решает принести себя в жертву, для того чтобы Лара смогла вернуться к выжившим. Главная героиня понимает, что погодные явления на острове носят сверхъестественный характер и так или иначе связаны с Пимико. Она пробирается на военную станцию, под которой располагалась гробница высокопоставленного самурая, совершившего сэппуку. Вытащив из него катану, Лара обнаруживает в ней спрятанную записку, из которой явствовало, что бури являются проявлением гнева Пимико, чья душа не может уйти из тела. Крофт понимает, что «Вознесение» являлось обрядом передачи души. Вернувшись в лагерь, протагонистка обнаруживает предательство Уитмена, сдавшего Саманту Матиасу.

Лара, Иона и Рейес отправляются в погоню на катере к монастырю Штормовых Стражей. Протагонистка видит как Стражи убивают Уитмена. После боя с охранниками Императрицы, Крофт взбирается на вершину зиккурата, где Матиас начал ритуал. В конце концов Лара убивает антагониста, чьё тело падает в пропасть, и спасает Саманту. Передача души прерывается и тело Пимико рассыпается в прах. Погода проясняется. Выжившие покидают Яматай. Лара Крофт говорит, что не собирается возвращаться домой. Она закрывает свой дневник, на котором виднеется надпись — Кроатоан.

Персонажи

Протагонисткой игры является Лара Крофт, 21-летний археолог. Она умная, внешне привлекательная, амбициозная и в то же время молодая и неопытная девушка. По словам разработчиков, ум главной героини представляет огромную часть сексуальной притягательности протагонистки, которая также исходит из её выносливости и непоколебимости, красоты и уязвимости. Лара доверчива, но не наивна. Ключ к её внутренней силе лежит в борьбе и преодолении собственных страхов. После окончания образования у Лары сформировалось глубокое понимание мира. Она начитанна, но ещё многого не испытала на собственном опыте. Протагонистка отправляется в экспедицию для того, чтобы «прочувствовать мир» и вновь найти потерянное чувство оптимизма. Героиня хочет добиться расположения членов команды, быть принятой друзьями. История протагонистки состоит из взлётов и падений, чей конечный результат — становление воина. По ходу игры ей приходится совершать ужасные поступки, постоянно находясь на грани жизни и смерти. Лара подозревает, что именно по её вине произошло кораблекрушение, поэтому мотивацией героини служит спасение людей, оказавшихся в опасности. Источником вдохновения для образа героини стала Амелия Эрхарт. Классическая и новая Лара обладают чем-то бо́льшим, чем просто мимолётным сходством. Они обе амбициозны и склонны к авантюрам, им близка археология и древние культуры. «Её физической выносливости и силе духа можно позавидовать» — говорил Сюарт. Создатель Лары Тоби Гард отметил, что главным изменением в обновлённой героине является человечность. Камилла Ладдингтон считала свою героиню секс-символом, поскольку протагонистка отважна и сражается за свои убеждения. Игровая пресса сравнивала новую внешность героини с Джессикой Альбой, Кейт Остин и {{не переведено 3|Michelle Dewberry|Мишель Дьюберри}}. Хотя на самом деле черты лица Лары были позаимствованы у 23-летней модели Меган Фарка ({{lang-en|Megan Farquhar}}), а тела — у 20-летнего голливудского каскадёра Тары Спэдэро ({{lang-en|Tara Spadaro}}).