Уход Берри и Up: 1997—2000

В апреле 1997 года группа собралась в доме отдыха Бака на Кауаях, чтобы сделать запись нового материала, предназначенного для следующего альбома. Группа стремилась изобрести свой звук и была намерена добавить новые барабанные ритмы и эксперименты с перкуссией. Так как сессии должны были начаться в октябре, Берри решил, после нескольких месяцев размышлений и дискуссий с Даунсом и Миллзом, сказать остальным участникам группы, что он уходит. Берри сказал своим товарищам по группе, что он не уйдет, если группа распадется в результате, поэтому Стайп, Миллз и Бак согласились продолжить свой творческий путь как трио, с благословения Берри. Берри публично объявил о своем уходе три недели спустя, в октябре 1997 года. Берри заявил журналистам: «У меня просто нет теперь того энтузиазма, как в прошлом, чтобы заниматься этим дальше… У меня самая лучшая работа в мире. Но я вроде готов бездельничать и размышлять и, возможно, больше не быть поп звездой». Стайп признал, что группа будет отличаться без основного участника: «Для меня, Майка, и Питера, как R.E.M., мы — все ещё R.E.M.? Я думаю, что трехногая собака — все ещё собака. Она просто должна учиться бежать по-другому».

Группа отменила свои запланированные рекордсессии в результате ухода Берри. «Без Билла было по-другому, это сбивало с толку», сказал Миллз позже, «Мы не знали точно, что делать. Мы не могли репетировать без барабанщика». Остальные члены R.E.M. возобновили работу над альбомом в феврале 1998 года в Toast Studios в Сан-Франциско. Группа завершила свое десятилетнее сотрудничество со Скоттом Литтом и наняла Патрика Маккарти продюсировать запись. Найджел Годрич был приглашен в качестве помощника продюсера, они также позвали бывшего участника группы Screaming Trees Barrett Martin и концертного барабанщика Бека, Джоуи Уэронкера. Процесс записи страдал от напряжения участников, и группа была близка к распаду. Бертис Даунс организовал экстренное собрание, где участники группы выясняли их проблемы и договорились продолжить играть в качестве группы. В октябре 1998 года был записан альбом Up. Первый сингл альбома, «Daysleeper» дебютировал в десятке лучших в США и Великобритании. Тем не менее, альбом был относительным провалом, его продажи были около 900 000 экземпляров в США к середине 1999 года, и в конце концов он разошёлся в количестве 2 миллиона копий по всему миру. В то время как американские продажи R.E.M. уменьшались, коммерческая основа группы переходила в Великобританию, где записей R.E.M. продавалось больше, чем в любой другой стране, а синглы группы регулярно попадали в Top 20.

Спустя год после выпуска Up, R.Е.М написали инструментальную партитуру для биографического фильма об Энди Кауфмане, «Человек на Луне», это был первый подобный опыт для группы. Фильм получил свое название от одноименной песни из альбома Automatic for the People (в тексте которой присутствуют многочисленные ссылки на Кауфмана, чьим ярым фанатом является Стайп). Композиция «The Great Beyond» из саундтрека к фильму «Человек на Луне» была выпущена в качестве сингла. «The Great Beyond» достиг только 57 позиции в американских хит-парадах, но стал самым успешным синглом группы в Великобритании, достигнув #3 в 2000 году.

Reveal и Around the Sun: 2001—2005

R.Е. М. записали большую часть их двенадцатого альбома, Reveal (2001) в Канаде и Ирландии, с мая по октябрь 2000 года. Reveal разделяет «мрачный темп» альбома Up, барабанщиком на альбоме, опять же был Джоуи Уэронкер, также внесли свою лепту (соучредитель группы The Minus 5 с Питером Баком) и основатель группы «The Posies» Кен Стрингфеллоу. Мировые продажи альбома составляли более 4 миллионов копий, а в США «Reveal» был продан примерно в таком же количестве, как и его предшественник Up. Первый сингл альбома, «Imitation of Life», достиг 6 строчки в хит-парадах Великобритании. Автор журнала Rock's Backpages преподобный Эл Фристон (The Rev. Al Friston), описал альбом как «загруженный золотым очарованием в каждом завихрении и повороте», по сравнению с «чрезвычайно неубедительной работой группы на пластинках New Adventures in Hi-Fi и Up» («loaded with golden loveliness at every twist and turn», in comparison to the group’s 'essentially unconvincing work on New Adventures in Hi-Fi and Up»). Кроме того, Роб Шеффилд из журнала Rolling Stone назвал Reveal «духовным обновлением, внедренным в музыку», и похвалил его «непрерывно удивительную красоту».