В 2003 году Warner Bros. выпустил сборник In Time: Best of R.E.M. 1988—2003, в который вошли две новые песни «Bad Day» и «Animal». В том же году Берри сделал неожиданное появление, во время концерта R.Е.М в городе Роли (штат Северная Каролина), исполнив бэк-вокал на «Radio Free Europe». Затем он сел за барабанную установку, чтобы исполнить с группой раннюю композицию R.Е.М «Permanent Vacation», это было его первое выступление с группой, с момента его ухода из R.Е.М.

R.E.M. выпустили новый альбом Around the Sun в 2004 году. Во время работы над альбомом в 2002 году, Стайп сказал: «[альбом] звучит, как будто это взлёт из двух последних альбомов в неизведанную территорию для R.E.M. Отчасти примитивный и воющий». После выхода альбома, Миллз сказал, «Я думаю, честно говоря, он оказался немного медленнее, чем мы хотели, с точки зрения общей скорости песен». Around the Sun получил смешанные отзывы критиков, и добрался до 13 строчки в хит-параде Billboard. Первый сингл альбома, «Leaving New York», стал хитом и попал в британский Top 5. Для записи альбома и последующего тура, группа наняла нового полноценного барабанщика Билла Райфлина, который ранее был участником группы Ministry. В конце 2004 года, R.E.M. гастролировали с Брюсом Спрингстином, Джексоном Брауном, Pearl Jam, Bright Eyes и другими музыкантами в туре, названном Vote for Change. Тур проводился в связи с американскими выборами 2004 года, и многие музыканты призывали не голосовать за Джорджа Буша, а поддержать его оппонента Джона Керри. В течение 2005 года, группа провела свои первые мировые гастроли, впервые со времен тура Monster Tour, десятью годами ранее. Во время тура R.E.M. выступили в лондонском Гайд-парке на фестивале Live 8.

«Accelerate» и распад группы: 2006—2011

В 2006 году, лейбл EMI, которому принадлежит каталог I.R.S. Records материала «R.E.M.», выпустил сборник, охватывающий период группы с 1982 по 1987 год, под названием «And I Feel Fine… The Best of the I.R.S. Years 1982—1987». Одновременно с этим сборником, был выпущен DVD «When the Light Is Mine: The Best of the I.R.S. Years 1982—1987», посвященный тому же периоду группы. В тот же месяце, все четыре оригинальных участника группы выступили на церемонии введения «R.E.M.» в Georgia Music Hall of Fame (Зал славы музыки, штата Джорджия). Во время репетиции церемонии, группа записала кавер-версию песни Джона Леннона «# 9 Dream» для альбома «Instant Karma: The Amnesty International Campaign to Save Darfur». Песня была выпущена в качестве сингла к альбому и в поддержку этой кампании, это была первая студийная запись Билла Берри вместе с товарищами, после его ухода из «R.E.M.», почти десять лет назад. В октябре 2006, R.E.M. были номинированы на введение в Зал славы рок-н-ролла, сразу как только это стало возможно (группа имеет право быть введена в Зал славы рок-н-ролла, спустя 25 лет после выхода их первого сингла). Группа была одной из пяти кандидатов, принятых в Зал славы рок-н-ролла в том году, торжественная церемония прошла 12 марта 2007 года, в нью-йорском отеле Waldorf-Astoria Hotel. Группа была введена в Зал славы рок-н-ролла вокалистом группы «Pearl Jam» Эдди Веддером, и исполнила четыре песни вместе с Биллом Берри.

Работа над четырнадцатым альбомом группы началась в начале 2007 года. Группа сделала запись с продюсером Джекнайфом Ли в Ванкувере и Дублине, где они выступали пять вечеров в Olympia Theatre, между 30 июня и 5 июля, в рамках «рабочей репетиции». «R.E.M. Live», первый концертный альбом группы (содержащий композиции, записанные из Дублинского шоу 2005 года), был издан в октябре 2007 года. Группа продолжила это начинание, выпустив ещё один концертный альбом «Live at The Olympia», в 2009 году. R.E.M. выпустили Accelerate в начале 2008 года. Альбом дебютировал под номером 2 в хит-параде Billboard и стал восьмым альбом группы достигшим вершины британского хит-парада. Дэвид Фрик из журнала Rolling Stone считает Accelerate более совершенным, по сравнению с предыдущими альбомами периода после ухода Берри, и назвал его «одной из лучших записей R.E.M., сделанных когда-либо» («one of the best records R.E.M. have ever made»). В 2010 году группа выпустила новый концертный DVD «R.E.M. Live from Austin, TX» записанный на телевизионной программе Austin City Limits в 2008 году. 7 мая 2010 года, закончилась первая рекордсессия следующего альбома группы, большую часть материала группа планирует записать летом.