Каждый персонаж обладает двумя наборами очков — НР (Очки жизни) и MP (Очки магии). Первые определяют «здоровье» персонажа и понижаются атаками врага; когда они достигают нуля, персонаж падает без сознания. Если без сознания находятся все три активных персонажа, считается, что игрок потерпел поражение; он может продолжить игру с момента последнего сохранения. Очки магии определяют возможность пользования магией и техниками, на которое и тратятся; если они достигают нуля, пользование магией и техниками невозможно. Оба набора очков можно восстанавливать до максимума специальными предметами.

По результатам выигранного боя игрок получает очки опыта, очки техник (тратятся на приобретение техник), а также, возможно, деньги и разнообразные предметы — лекарства, оружие, детали экипировки, предметы для бартера и т. п. Предметы также можно находить в разбросанных по локациям сундуках и покупать в магазинах. С накоплением опыта персонажи получают уровни, по мере набора которых их характеристики растут. Прирост характеристик происходит автоматически, и он свой для каждого персонажа в соответствии с его образом, но игрок может корректировать этот прирост использованием специальных предметов — таблеток, каждая из которых производит дополнительный прирост одной соответствующей характеристики.

В игру входят несколько необязательных миниигр. Наиболее значительной из них являются гонки на реактивных мотоциклах в 2300 году н. э.; эта игра издавалась и отдельно от Chrono Trigger. Большая часть прочих миниигр сосредоточена на Ярмарке Тысячелетия (Millenial Fair); сыграть в большинство из них можно уже в самом начале игры. Победа в играх на Ярмарке вознаграждается Серебряными очками (Silver Points), которые можно обменять на деньги или на право доступа ещё к трём мини-играм в Шатре Ужасов (Tent of Horrors). За победы в Шатре Ужасов игрок вознаграждается разного рода бонусами — поселяющимися в доме главного героя котятами, музыкальными куклами и «копиями» персонажей игры. Кроме того, некоторые миниигры (например, управление роботом в 2300 году н. э.) вписаны в собственно прохождение.

Уникальной чертой геймплея Chrono Trigger являются путешествия во времени. Игрок может перемещаться по семи временным эпохам истории игрового мира, где выполняет разного рода квесты, взаимодействует с другими персонажами и участвует в сражениях. Путешествия во времени проводятся через порталы, называемые «вратами времени», и при помощи машины времени под названием «Эпоха» (Epoch). Сюжет игры принуждает игрока постоянно использовать возможности путешествий во времени для изменения мировой истории — действия, совершаемые в одной временной эпохе, приводят к разного рода последствиям во всех последующих. В игре тринадцать довольно сильно отличающихся друг от друга концовок; какую из них получит игрок — зависит от того, как и когда во время игры он выиграет битву с финальным боссом. В версии для Nintendo DS была добавлена дополнительная, четырнадцатая концовка. Немаловажной особенностью Chrono Trigger является опциональная New Game+ — возможность по окончании игры начать её заново со всеми теми же уровнями, характеристиками, способностями персонажей и накопленными в течение игры предметами (кроме денег и ключевых для сюжета предметов). Аналогичная концепция использовалась Square Co. и в других последующих проектах, таких как Vagrant Story, Chrono Cross, Parasite Eve и Final Fantasy X-2.