Каменный век (65 000 000 до н. э.) — в это время, согласно Chrono Trigger, первые люди вынуждены соседствовать с динозаврами, в том числе и разумными и агрессивными Рептидами (Reptites). Континенты в это время не разделились, представляя собой одно целое — Пангею. Рептиды обитают в нескольких укреплённых крепостях, в частности, Логове Рептилий (Reptite Lair) и находящимся в жерле вулкана Логове Тирана (Tyrano Lair). Люди, которых Рептиды называют «обезьянами», разделились на два племени: руководимое Эйлой и открыто живущее на равнине племя Йока (Ioka) и скрывающееся в первобытных джунглях племя Ларуба (Laruba). Племя Ларуба научилось приручать птеродактилей и летать на них.

Античность (12 000 до н. э.) — на планете стоит ледниковый период — плотная облачная завеса скрывает поверхность планеты от солнечных лучей. Часть человечества переселилась на парящие над облаками острова волшебного царства Зиль (Zeal), где процветает магия и высокие технологии. Прочие люди обитают в пещерах на поверхности планеты. Царица Зиль пытается выстроить грандиозный Океанский дворец под поверхностью моря. В ходе игры проснувшийся Лавос разрушает вместе с Дворцом весь Зиль, и со всемирным потопом ледниковый период заканчивается. Это родная эпоха Магуса, который в действительности является сыном царицы, Янусом (Janus); в жизни царства и его собственной важнейшее место занимает его сестра Шала (Schala).

Средние века (600 н. э.) — в это время на человеческое королевство Гвардия (Guardia) нападает армия демонов (Fiends, в переводе Вулси — Mystics), управляемая из своего замка чародеем Магусом и тремя его приспешниками — Оззи (Ozzie), Слэшем (Slash) и Фли (Flea). Лучший рыцарь Гвардии, сэр Сайрус (Cyrus) погибает в битве с Магусом, его легендарный меч Масамунэ ломается. Герои помогают рыцарю-лягушке Фрогу (бывшему оруженосцу Сайруса) перековать сломанный меч и снова бросить вызов Магусу.

Наши дни (1000 н. э.) — наиболее спокойное и мирное время, родная эпоха Хроно, Марл и Лукки. По уровню технологического развития напоминает XX век. Королевство Гвардия, благополучно пережившее войну четырёхсотлетней давности, правит континентом Зенан (Zenan mainland) и отмечает собственный тысячелетний юбилей Ярмаркой Тысячелетия. В этом времени обитает один из мудрецов Зиля — кузнец Мельхиор (Melchior).

День Лавоса (1999 н. э.) — время апокалипсиса. В эту эпоху, когда человеческая цивилизация достигает наивысшей точки своего развития, вновь пробудившийся Лавос наносит второй, намного более мощный удар по всей поверхности планеты. Большая часть человечества погибает. В этой временной эпохе доступна лишь одна локация — Панцирь Лавоса (Lavos Shell), последняя в игре.

Будущее (2300 н. э.) — умирающий мир. В это время поверхность планеты лежит в руинах, на ней царит вечная зима, напоминающая ядерную зиму. Немногочисленные остатки человечества, вымирающие от голода и болезней, прячутся в полуразрушенных куполах типа Купола Аррис (Arris Dome). Автоматизированные фабрики под руководством компьютеров все ещё продолжают выпускать роботов, подобных Робо. В этом времени, в лаборатории у Пика Смерти (Death Peak) обитает другой мудрец из Зиля — создатель машины времени Бальтазар (Belthasar).

Конец времён (Год: ∞) — эпоха наименьшего «сопротивления времени». В этой временной эпохе доступна лишь одна локация, носящее то же название — Конец времён (The End of Time); здесь сосредоточены порталы, ведущие во все остальные временные эпохи. Единственными обитателями этой эпохи являются третий мудрец из Зиля — Каспар (Gasper), в течение большей части игры называет себя просто стариком — Old man) и меняющий облики маг Спеккио (Spekkio).