Чёрное Знамение (все эпохи, начиная с 12 000 до н. э. и кончая 2300 н. э.) — бывший Океанский Дворец, поднятый после разрушения Зиля в небеса и составляющий неотъемлемую часть пейзажа планеты в конце игры во все времена; в этой обновлённой временной линии население планеты относится к летающему дворцу как к чему-то самому собой разумеющемуся. Обитатели Чёрного Знамения — Царица и её слуги — бессмертны, поэтому Чёрный знак не изменяется, в какую бы эпоху туда не прийти. Примечательно, что в 2300 н. э. Чёрное Знамение закрыто для посетителей.

Сюжет

В начале игры проснувшийся в своём доме Хроно посещает Ярмарку Тысячелетия, где знакомится с девушкой по имени Марл. Они оба пытаются испытать построенную изобретательницей Луккой телепортационную машину. Подвеска Марл оказывает на машину странное воздействие, открыв портал во времени Врата (Gate), где Марл и пропадает. Хроно следует за ней и оказывается в Средних веках. Марл здесь принимают за королеву Лейну (Queen Leene), пропавшую супругу короля Гвардии, и она оказывается на троне, однако, к собственному ужасу, тает в воздухе при попытке Хроно объясниться с ней. Прибывшая в то же время Лукка объясняет, что Марл, будучи принцессой Гвардии в наше время, заменила собственную прапрабабушку Лейну и тем оборвала цепь событий, приведшую к её собственному рождению. Таким образом, для спасения Марл нужно вернуть Лейну на трон.

С помощью верного королеве рыцаря-лягушки Фрога им удаётся это сделать — разоблачить заговор принявшего облик канцлера Гвардии демона Якры (Yakra), вернуть Марл к жизни и втроём возвратиться в родной 1000 год н. э. Однако Хроно хватают солдаты Гвардии, и он попадает под суд по обвинению в похищении принцессы. Хотя приговор суда зависит от действий игрока, Хроно в любом случае препровождают в тюрьму, откуда он с помощью Лукки и Марл сбегает. Спасаясь от солдат, они втроём попадают в очередной портал-Врата и оказываются в будущем — в 2300 году н. э.

Обследуя умирающий мир, в подвалах купола Аррис они находят компьютер с видеозаписями катастрофы, превратившей мир в руины — удара, нанесённого чудовищным существом Лавосом по поверхности планеты, и решают «исправить» историю, вычеркнув из неё Лавоса. В ходе дальнейшего путешествия Лукка ремонтирует робота Робо, который помогает героям получить доступ к очередным Вратам. Однако попытка путешествовать уже вчетвером приводит к транспортировке в новое место — Конец времён, становящийся для героев своего рода перевалочным пунктом в путешествиях во времени.

Они помогают своему старому знакомому Фрогу вернуть (с помощью обитательницы каменного века Эйлы и мудреца Мельхиора) легендарный меч Масамунэ и Медаль Героя, а потом бросить вызов чародею Магусу, якобы вызвавшему Лавоса из ниоткуда. Оказывается, что Магус лишь пробудил давно спавшего Лавоса с единственной целью уничтожить. Порождённые при пробуждении Лавоса врата закидывают героев в Каменный век (65 000 000 год до н. э.), где они снова встречаются с Эйлой и помогают ей спасти её друзей от Рептидов. Битва с боевым тираннозавром обрывается катастрофой — на планету падает губящий динозавров астероид, в действительности и оказавшийся инопланетным пришельцем Лавосом. Само название «Лавос» даётся ему Эйлой.

Тем не менее, после этой очередной встречи с Лавосом герои обнаруживают новые Врата, приводящие их в доселе закрытые времена Античности (12 000 год до н. э.). Они попадают в царство Зиль, где таинственный Пророк (Prophet) изгоняет их вон и с помощью царевны Шалы запечатывает порталы. Вернуться в эту негостеприимную эру удаётся лишь с помощью построенной мудрецом Бальтазаром в 2300 году н. э. машины времени «Эпоха». Герои, снова встретившись в 12 000 году до н. э. с Шалой, направляются на летучую гору Горя (Mt. Woe), где встречают уже знакомого мудреца Мельхиора — точнее, его более молодую версию, и, заручившись его поддержкой, штурмуют Океанский Дворец. Запуск «источника неисчерпаемой энергии» Машины Маммоны (Mammon Machine) приводит к очередному пробуждению Лавоса. «Пророк», оказавшийся всё тем же чародеем Магусом, пытается его остановить, но терпит поражение; Хроно ценой своей жизни спасает друзей и погибает сам. Лавос разрушает царство Зиль.