Выжившие герои (кроме погибшего Хроно, но включая присоединяющегося к ним Магуса — опционально, его можно и убить) оказываются в плену у Дальтона (Dalton), полководца царства Зиль, завладевшего гигантским самолётом «Чёрный Дрозд» и провозгласившим себя новым правителем планеты. Инженеры Дальтона модернизируют «Эпоху», превратив машину времени в боевой самолёт (не потерявший, впрочем, способности путешествовать во времени), которым удаётся завладеть героям. Они уничтожают «Чёрный Дрозд» и наблюдают появление из-под поверхности океана зловещего Чёрного Знамения — бывшего Океанского Дворца.

Герои пытаются вернуть к жизни Хроно при помощи данного последним мудрецом Зиля — Каспаром — чудесного «Яйца времён», которое и представляет собой вынесенный в название игры «хроно-триггер». Выполнение этого задания является необязательным для игрока. В контексте получения основных концовок считается, что им удаётся это сделать, пропутешествовав именно в момент смерти Хроно и заменив его тело мёртвой копией — таким образом, Хроно возвращается к жизни. Вместе они путешествуют по эпохам, внося в историю крупнейшие (но необязательные для игрока) исправления и приходя к мысли, что их в жизни ведёт некое Бытие (Entity) тем или иным путём, пройдя через Чёрное Знамение в любой эпохе, попав в 1999 год н. э. на машине времени или через особый портал («ведёрко») — встречаются с Лавосом и понимают, что единственной целью этого чудовищного инопланетянина была собственная эволюция.

После победы над Лавосом и окончательного исправления истории порталы-Врата начинают закрываться. Хотя в игре тринадцать концовок (в версии для Nintendo DS — 14), основными являются лишь две; выбор между ними зависит от того, потерял игрок машину времени «Эпоха» при битве с Лавосом или нет. В первом случае герои расстаются навеки, расселившись по родным эрам и зажив мирной жизнью, причём любовная линия Хроно и Марл наконец подходит к логическому завершению, во втором — продолжают путешествовать во времени. События сиквела — Chrono Cross — подразумевают, что канонической является первая из основных концовок.

Графика

В Chrono Trigger используется традиционная для игр четвёртого поколения игровых систем двухмерная графика. Персонажи, враги и все объекты, с которыми в игре можно взаимодействовать, представлены в игре спрайтами (в основном, 32x32 пиксела); статичное окружение отрисовывается с помощью тайлового движка (англ.) — в виде набора состыкованных друг с другом плоских растровых изображений в прямоугольной проекции, вид «спереди и сверху». Как спрайты, так и статичное окружение было по большей части нарисовано вручную. Графически игра довольно близка к таким играм, как Secret of Mana и Final Fantasy VI.

Как и многие другие игры на Super Nintendo Entertainment System, Chrono Trigger активно использовал так называемый режим Mode 7 — возможность вращения и масштабирования двухмерных изображений, используемую для имитации трехмерной графики. Примерами использования Mode 7 в Chrono Trigger являются качающийся маятник на заставке игры, анимация путешествий во времени или панорама разрушенного города во время гонок в 2300 году. В отличие от Secret of Mana и Final Fantasy VI, где наиболее ярким применением Mode 7 была имитация движения в трехмерном пространстве во время полетов на летающих существах и воздушных кораблях, в Chrono Trigger, хотя летающее средство передвижения и существует (машина времени «Эпоха»), Mode 7 при изображении полётов не используется, за исключением финальных титров.